而与玄烨面商国务，请旨草拟谕旨的，是内阁大学士和学士一类官员，并不是南书房行走。《起居注档》上几乎每天都有“上御乾清门听部院官员面奏政事毕，部院官员出，内阁大学士、学士捧折本面奏请旨”的记载。有时玄烨患病，无法御门听政，也不召近在内廷的南书房官员商议政事，却要“召内阁大学士、学士至懋勤殿，面商折本”(《起居注档》)。由此可以看出，当时为康熙草拟谕旨的，是内阁大学士，而非南书房官员。
但是，南书房官员也不是绝对不干预政事。曾在南书房供职的侍读学士王鸿绪说过：“先年承旨，密缮小折于皇上巡幸之时，亲诣雨书房，交与管理宫报首领，从内密达御前。俟宫报回日，臣亲诣领出。此时圣驾在外，南书房绝无人到，极为隐秘。今重奉密令，似宜照先行走，交与首领，慎密收发，庶免他虞”(《王鸿绪密缮小折》)。
王鸿绪奉旨向康熙帝奏交密折，想来其他南书房官员也可能做类似的事情。然而这种向皇帝奏交密折同前面所说的为皇帝草拟谕旨，无论形式上或实质上，都完全不同。草拟谕旨是当时最重要的机密工作，参加草拟的大臣必须直接介入政务，而提交密折，不过是大臣就自已的见闻密奏皇帝而已，其密奏事情的本身并非都是机密。应该说，这是大臣在履行自己的义务，当然也不是每个人都可以这样做的。
玄烨与南书房官员的关系是相当密切的。他常“与诸文士赏花钓鱼，剖析经义，无异同堂师友”(《啸亭续录》)。康熙十七年三月，五台山向宫中进贡了一种“天花蘑菇”，玄烨认为蘑菇“鲜馨罕有，可称佳味”，派人送到南书房，特让正在那里编辑御札的张英等人尝鲜，“使知名山风土”(《起居注档》)。
李光地病了，玄烨关怀备至，不但赐他熏细鳞鱼、鲜鹿肉条，而且还特让李光地的家人每天到宫中取饮玉泉水，滋补肠胃。张英的父亲病故，张英请假回乡奔丧，玄烨特赐他白银五百两料理丧事。至于赏赐诸臣御用瓜果酒菜，更是寻常之事。玄烨本人常到南书房看大臣赋诗作画，他高兴起来，也挥毫命笔，赏赐诸臣。
南书房的官员主要来自翰林院。当时的翰林官大都是科举出身才学出众的文人，同时，入值南书房的官员一般还都要经当朝名士的举荐。但玄烨仍不放心，还要亲自考察他们的才学。清初鼎鼎大名的诗人、侍讲学士王士稹，侍读学士陈廷敬，都是被玄烨召到懋勤殿，当场赋诗，又受到皇帝的赞赏后进入南书房的。
康熙二十四年，玄烨又对翰林院、詹事府诸臣进行了一次考试。有一位日讲起居注官在这次考试中获第一名，玄烨才把他选人南书房。康熙三十三年，玄烨又下令翰林院、詹事府、国子监，每天选派四名官员，轮流入值南书房，以便他从中挑选。
玄烨选择南书房官员的主要标准也可概括为德、才两项，当然他是要有利于封建统治的德和才。对他们的职务、门第，倒不大放在眼里。如最早入值南书房的流落京城的穷书生高士奇，因大学士明珠的举荐，说他写得一笔好字，便被破格选入南书房;南书房官员戴梓，原来也是个布衣，通天文算法，又能诗能文。
他发明的连珠火铳法，在平三藩时起过很大的作用。他亦被破格选入南书房。至于颇有影响的朱彝尊，更是有名的“四布衣”之一，在康熙十八年举博学鸿词时初露头角。当时朝野舆论攻击他为“野翰林”，但玄烨认为朱彝尊兼诗、文、考据之长，还是将他选入南书房。
最能说明玄烨注重南书房官员才华的例子，是方苞的入值。方苞本是震惊全国的《南山集》案中的一名要犯，因为《南山集》作序，被关进死囚牢。一个很偶然的机会，玄烨听李光地说，方苞的古文超群拔类，便赦免了方苞的罪行，又命人把他带到畅春园，撰写《湖南洞苗归化碑文》、《黄钟为万事根本论》等。
玄烨阅后十分满意，竟说方苞的文赋“即翰林中老辈兼旬就之不能过也”(《望溪全集》)。从此，方苞就由一个罪犯一跃而成为南书房的官员。
南书房的官员对玄烨学习的影响是很大的。玄烨评价他们“所纂讲义典确精详，深裨治理”(《笃素堂全集》)。在南书房任职十三年的高士奇，是玄烨跨进学海的引路人。他曾对侍从说：“朕初读书，内监授以四子本经，作时文;得士奇，始知学问门径。初见士奇得古人诗文，一览即知其时代，心以为异。未几，朕亦能之。”(《清史稿》)
