对御医的不信任，和御医对专业决策权的让渡，发展到极致，往往会变成皇帝自己出手更改药方，慈禧和光绪都干过这事。慈禧曾将薛宝田拟定药方里的“续断”改为“当归”。光绪常改御医开的药方，比如往里面加乳香、紫花地丁、白芷，或圈掉杜仲和菟丝子，有时还会直接下旨对御医进行业务指导，教他们怎么玩“君臣相佐”。
“皇帝自己开药方”这事也见于欧洲。
罗马皇帝查理五世常年受痛风困扰，又常暴饮暴食，他觉得宫廷医生都是无能之辈，所以更愿尝试民间偏方。安德雷亚斯·维萨里（近代人体解剖学的创始人）任宫廷医生期间，查理五世迷上一种叫“菝葜”的草药，不但强迫维萨里将之放入药方，还宣称该草药在治疗痛风方面有奇效。维萨里不信个案，也不愿糊弄过去。他在诸多痛风患者身上试验后，否定了查理五世的主观感受，认为他的痛风有所好转是控制饮食所致，与菝葜毫无关系。
但查理五世更愿相信自己，让人调查维萨里，看他究竟是不是包藏祸心的“宗教异端”—在那个时代，被扣上“宗教异端”的帽子是有可能被烧死的。万幸的是，维萨里在言论方面十分谨慎，教廷什么也没查到。
然而，若让皇帝撤去“轮诊制度”，听任医生互相交流，其结果大概率又会变成一场糊弄。
杜钟骏在《德宗请脉记》里说，他们六位民间医生被举荐进京一段时间后，光绪有次下旨，让他们合拟一个“可以常服之方”，且给出五天商议的时间。六人接旨后，推举年龄最大的陈秉钧主笔。陈秉钧拟的药方会凸显御医之前开的药方有问题，众人都不赞成。杜钟骏还对其他五个人说：你们要是觉得自己能治好皇上的病，那不妨批评御医的药方；否则还是不要说的好，会得罪人。然后，众人照杜钟骏的主意，保留了陈秉钧的药方的头尾，将中间部分改了，使人看不出是在“明言”御医之前开的药方有问题。而杜钟骏自己拟的药方，根本就没拿出来给众人讨论。
对参与药方商议的杜钟骏来说，不得罪御医、不用自己的药方为底稿进行讨论，比御医们的药方是否正确、自己的药方是否更好，要重要得多。
如此这般，皇帝与他的医生就陷入漫长的僵局。皇帝不信任医生，医生也不敢给皇帝提供关于疾病的独立见解。双方不再是简单的医患关系，更像在玩一种两败俱伤的攻防游戏。
