南朝刘宋时期《世说新语》记载道：“郄司空(郄愔)拜北府，王黄门(王徽之)诣郄门拜，云：‘应变将略，非其所长。’骤咏之不已。郄仓(郄融)谓嘉宾(郗超)曰：‘公今日拜，子猷言语殊不逊，深不可容。’嘉宾曰：‘此是陈寿作诸葛评。人以汝家比武侯，复何所言!’”[5]卷二五，434-435据《晋书》卷六七《郗鉴传》附《郗愔传》，桓温主政时，迁郄愔都督徐、兖、青、幽、扬州之晋陵诸军事，领徐兖二州刺史，假节。不久桓温北伐，愔先请督所部出河上，既以己非将帅才，不堪军旅，又固辞解职，劝温并领己所统。转冠军将军、会稽内史。后加镇军都督浙江东五郡军事。在其升职拜官之时，王徽之前往道喜，用“应变将略，非其所长”称之，并反复吟诵。无论如何，这句话表面上有贬抑之意，因此引起了郗愔次子郄融的不满。不过王徽之与郄愔是亲戚关系，也素无矛盾，没有理由在这种情况下当众贬斥郄愔。王徽之在生活中任诞洒脱，常做惊人事，说惊人语。他清楚这句话是贬义的，但在他看来，“应变将略非其所长”并没有损害诸葛亮的英名，所以他才大胆地用似贬实褒的方式将郄愔比作诸葛亮来夸赞郄愔。郗超准确地捕捉到了王徽之的意旨，因而他告诉弟弟，王徽之是借用陈寿的话，将父亲比作诸葛亮，此乃无以复加的荣耀，而绝非言语不逊。因此，这段记载至少说明三件事情：第一，诸葛亮在当时人的心目中有很高地位。第二，陈寿那句本来带有明显疑问性的含糊话语“盖应变将略，非其所长欤”，到这里变成了完全肯定性的话语，但这个语气变化带来的字面上的贬抑之意，丝毫没有影响诸葛亮的形象，反而成为后人借用来评价他人的正面褒扬用语。第三，由第二层意思可知，在王徽之、郗超等人看来，陈寿的“盖应变将略，非其所长欤”，不论是疑问还是肯定用语，都没有贬抑诸葛亮之意。
南朝梁陈时徐陵说：“若夫伊尹庖厨贱宰，霍光阶闼小臣，诸葛亮无应变之才，管夷吾非王者之佐，论其世业，较彼勤劳，书契以来，罕有明德。”[8]卷六，646此处，徐陵对伊尹、霍光的称呼有明显的轻视之意，对管仲、诸葛亮的评价也并非正面肯定，但他又极力称赞了四人的功业。这表明，他虽认为诸葛亮无应变之才属实，但还是历史上少有的值得肯定的“明德”之人。既然如此，在徐陵的语境中，也就无所谓陈寿贬抑诸葛亮之事。
由以上两则材料可以看出，东晋南朝时期，诸葛亮虽被一些人认为不善将略，但依然是功业卓著的代表。更应注意的是，后人引用陈寿说法之时，已然忽视了他原有的疑问语气，如刘孝标亦称：“《蜀志》陈寿评曰：‘亮连年动众而无成功，盖应变将略，非其所长也’。”[5]卷二五，434曲解了他的原意，于是陈寿评价诸葛亮不善将略一事被逐渐坐实。
资料显示，在魏晋南北朝时期流传的故事中，诸葛亮有一幅神鬼莫测的军事奇才形象。裴松之注《三国志》时收录了大量的诸葛亮事迹，在这些故事中，诸葛亮军事才能卓著，与不善将略形成了鲜明对比，但选材谨严的陈寿却没有将它们收入《三国志》中，而是对诸葛亮做出了“盖应变将略，非其所长欤”的评价。这显现了曾在蜀汉任官供职的陈寿的个人观点：他对诸葛亮的军事才能确实有些怀疑。
除南朝外，北朝也有人谈及陈寿与诸葛亮之事。如北魏毛修之称：“昔在蜀中，闻长老言，寿曾为诸葛亮门下书佐，被挞百下，故其论武侯，云‘应变将略，非其所长’。”[9]卷四三，960毛修之与上述常璩的材料来源都是蜀地的长者，由此不难看出，陈寿《三国志》在社会上流行之后，巴蜀地区就流传着陈寿因私恨贬抑诸葛亮的说法。不过毛修之的说法与常璩又有所不同，由陈寿被诸葛瞻所辱，演变成了陈寿被诸葛亮鞭挞，这就使陈寿与诸葛亮间的矛盾冲突显得更为激烈。
就在陈寿挟恨贬抑诸葛亮这一说法广泛流传之际，也有人为陈寿辩解，这就是北魏著名人物崔浩。据《魏书》卷四三《毛修之传》记载，崔浩曾与毛修之就此问题进行论辩，认为陈寿不但没有挟恨贬抑诸葛亮，而且在《诸葛亮传》中是美化了诸葛亮。崔浩指出，诸葛亮与刘备二人，君臣相处融洽，却不能与曹操争天下，放弃荆州而以巴蜀为根据地更是下策，而陈寿仍将诸葛亮与管仲、萧何相提并论，已是在美誉诸葛亮；蜀汉立足巴蜀后，诸葛亮依仗险要的地势，不顾实力差距多次出兵攻魏，终未能有所收获，没有达到古代善战之将审时度势的水平。因此，崔浩认为，陈寿所称“应变将略非其所长”是如实记述，不但对诸葛亮“不为负之”，更“非挟恨之矣”。
