在兵部尚书的任上，王竑做了三件事：
1.举荐了名臣韩雍。天顺八年（1464年），内阁大臣钱溥与东宫内侍王纶勾结，企图排挤内阁首辅李贤，韩雍牵扯到此事，被李贤打击报复，贬为浙江左参政。应该是在这时，王竑与韩雍有了短暂的接触，并折服于韩雍的才华。明宪宗继位时，李贤仍任内阁首辅，王竑举荐韩雍时曾被一些人以韩雍有罪为由反对，王竑说：“你们说韩雍有罪，我不也是有罪被废的人吗？”最终，明宪宗采纳了王竑的建议，起用了韩雍。
2.平定大藤峡盗乱。成化元年（1465年），广西瑶族人曾起兵叛乱，王竑向明宪宗建议出兵剿贼。明宪宗任命赵辅为征蛮将军，韩雍为右佥都御史，率兵征讨。同年底，韩雍率军攻入山寨，并生擒侯大狗等七百八十余人，斩首三千二百馀级，藤峡盗乱平定。此战主要为赵辅、韩雍之功，但韩雍为王竑举荐，且王竑坐镇后方部署调度，功劳不小。
3.整顿吏治。王竑曾检阅京城十二团营，并上奏对不合格的营职军官八十余人进行罢免，再选择有才能之人补充。
本来在兵部尚书的职位上，王竑应该可以大展宏图，此时却发生了一件事，让王竑心灰意冷。当时朝廷贴黄（对奏章中的错误进行纠正）的官员缺乏，王竑举荐了岳正和张宁两人，但没有被明宪宗采纳，明宪宗还把这两个人外调出京。王竑大为不满，竟称病要辞职。明宪宗想挽留王竑，每天都派御医给王竑看病，王竑没有领情。成化二年（1466年）九月，明宪宗终于下令，让王竑退休养老。王竑任兵部尚书有一年左右，实际上仅上任了八个月，后面四个月都在家养病。
王竑突然引退给人留下了诸多谜题：1.王竑只是举荐了两个人不被采纳而已，不会有多气愤。在朝堂之上，举荐官员不被采纳是件很平常的事情，大多数官员都有向皇帝举荐人才而不被采纳的经历。王竑为官多年，这点气量还是有的，不大可能因此而气愤。2.王竑以生病为由引退，显然是借口。明宪宗天天派御医给王竑看病，他的病有多重，他自己清楚，明宪宗也清楚；3.王竑并不是以退为进。明朝的文人傲气十足，经常会在自己的要求没达到的时候称病，其实只是想要个台阶挣个面子而已。王竑显然是真的想引退，他“生病”之后，明宪宗除让御医给他看病外，还多次请求他复职。如果王竑想以退为进，他早就已经达到目的，也早就应该复职，而不是装了四个月的病。
《明史》认为李贤阻止了王竑举荐岳正和张宁，引起王竑的不满，进而引退。王竑自任兵部尚书以来，就举荐了韩雍、岳正、张宁三个人，却有两个人与李贤有仇，分别是韩雍和岳正。上文已讲过，韩雍牵扯到钱溥排挤李贤一事，被李贤报复贬职，却被王竑举荐复职。岳正也曾获罪，被赦免回朝后曾被李贤压制，后来有人伪造了岳正弹劾李贤的奏章，此事让李贤大为恼火。由此看来，王竑确实可能是因举荐人得罪李贤，只是难以确定是否达到要引退的程度。
不管怎么样，王竑在明宪宗多次请求之下并没有复出，最终还是惹怒了明宪宗。从明宪宗答应王竑引退之后，一直到成化二十三年，朝廷上很多官员都推荐王竑，明宪宗都置之不理。王竑在家整整22年，于弘治元年（1488年）十二月去世。
