明太祖出身农家。对农民生活多少有些了解，他继位以后，也注意实行休养生息的政策。他告诫地方官员说:“现在天下刚刚安定，百姓财力困乏，好像出飞的鸟，不能拔它的毛；新种的树，不能摇它的根”。他要求官员们廉洁守法，不能贪赃枉法，加重人民负担。以后他又召集流亡农民开垦荒地，免除三年的劳役和赋税。要各地驻军屯田垦荒，做到粮食自给自足。他还兴修水利，鼓励植苗种麻。所以明朝初年的农业生产有了很明显的发展。新建立的明王朝统治也巩固了下来。
明太祖总是不放心那些帮助他开国的工臣。他设立了一个叫做“锦衣卫”的特务机构，专门监视侦察大臣的活动。大臣在外面或者家里有什么动静，他都打听的一清二楚。谁被发现了有什么嫌疑，就有被打进牢狱甚至杀头的危险。
明太祖对待官员及其严酷，大臣上朝的时候，惹他发了火，就在朝廷上被按在地上打板子，叫做“廷杖”，也有被当场打死的。这种做法弄得大臣们个个提心吊胆。每天去上朝的时候都愁眉苦脸的向家里告别。如果这一天平安无事回到家里，亲人们就高高兴兴庆幸他又多活了一天。
公元1380年，丞相胡惟庸被告发叛国谋反，明太祖立刻把胡惟庸满门抄斩，还追究他的同党。这一追究就株连到一万五千多人，明太祖一发狠心，把那些有胡党嫌疑的文武官员全都杀了。
学士宋濂是明朝开国初期，跟刘伯温一起受明太祖重用过的，后来又当过太子的老师。宋濂为人谨慎小心，但是明太祖对他仍然并不是太放心。有一次，宋濂在家里请几个朋友喝酒，第二天上朝明太祖问他昨天喝过酒没有，请了哪些客人，备了哪些酒菜。宋濂一一一照实回答，明太祖笑着说，你没有欺骗我。原来，那天宋濂家请客的时候，明太祖暗暗派人去监视了。后来明太祖在朝廷上称赞宋濂说，宋濂伺候我19年，从没说过一句谎言，也没说过别人一句坏话，真是个大贤之人啊。宋濂68岁那年告老还乡，明太祖还送他一副锦缎，说:“留着它，再过32年给你做件百岁衣吧”。
可是，胡惟庸案件发生后，宋濂的孙子宋慎也被揭发是胡党，于是事情牵连宋濂。明太祖派锦衣卫把宋濂从京华老家抓到京城，要把他处死。
此事让马皇后知道了，马皇后劝明太祖说，老百姓家为孩子，请个老师，善且待他恭恭敬敬，好来好去，何况是皇帝家的老师呢？再说宋先生一下住在乡下，他孙子的事，他怎么会了解？
明太祖正在火头上，依然不肯饶恕宋濂。当天马皇后陪明太祖吃饭，她呆呆地坐在桌上，不喝酒，也不吃菜。明太祖感到奇怪，问她是不是身子不舒服。马皇后回道:“宋先生犯了死罪，我心里难受，在为宋先生祈福呢”。
马皇后毕竟是跟太祖共过患难的夫妻，明太祖平时对她比较尊重。听她如此一说，也有点感动，才下令赦免宋濂死罪。改罚充军茂州。七十多岁的老人家，经不起这场惊吓，再加上路上劳累，没到茂州就死了。
过了十年，又有人告发李善长和胡惟庸往来密切。明知胡惟庸谋反，不检举揭发，采取观望态度，犯了大逆不道的罪。李善长是第一号开国功臣，又是明太祖的亲家，明太祖大封功臣的时候，曾亲自给李善长两道免死金牌。这一年，李善长已经77岁了，可是明太祖一翻脸，把他和他的全家70几口全部处死。
紧接着，再一次追查胡党，处死了一万五千多人！
自胡惟庸案件发生以后，明太祖觉得把军政大权交给大臣不放心，就取消了丞相职位，由皇帝直接管辖吏部、户部、礼部、兵部、邢部、工部六个部的尚书，又把掌握军权的大都督府废了，改设左右中前后五个都督府，分别训练士兵。需要打战的时候，由皇帝直接发布命令，这样一来，明朝皇帝的权利就大大集中了。
即便如此，事情到这里并没有结束，过了三年，锦衣卫又告发大将蓝玉谋反。明太祖杀了蓝玉，追查同谋，又有文武官员，一万五千多人受株连被杀。