当初，刘裕家贫，一次刘裕与刁逵赌博，结果输了三万，刘裕还不起赌债，竟被刁逵缚在马桩上，受尽了耻辱。时王谧到刁逵家中拜访，见刘裕不凡，便对刘裕说：“卿当为一代英雄”(《资治通鉴·卷第一百一十三》)。王谧替刘裕还了债，刁逵才放了刘裕。从此刘裕便和王谧交上了朋友，由于和王谧的这层关系，所以王谧虽为桓玄佐命之臣，刘裕并没有加害王谧。刘裕称帝后，对王氏家族甚厚，以至其几代不衰。当时，也有一些人瞧不起刘裕，认为他出身布衣，地位卑贱，例如尚书左仆射王愉的儿子王绥，本是江左冠族。王绥少有重名，他对刘裕颇不服气，对这一类人，刘裕都相继予以铲除。桓玄兵败后，逃至寻阳(今江西九江东北)。当月，挟持晋安帝继续西奔。刘裕、刘毅、何无忌、刘道规等率诸军追讨(参见刘裕击桓玄之战)。桓玄留将领何澹之等守湓口(今江西九江西北)。四月，刘裕加督江州诸军事。四月，桓玄进至江陵(今属湖北)，增派将领庾稚祖、桓道恭率数千人与何澹之共守湓口。何无忌、刘道规兵至桑落洲(今江西九江东北)。何澹之随即率水师迎战。何无忌自知兵寡，遂采取集中兵力击敌之弱的方略，大破何澹之，一举攻克湓口，进占寻阳。桓玄集荆州兵力2万余人，率军东进，以梁州刺史苻宏为前锋，又派散骑常侍徐放先行，劝降刘裕。刘毅、何无忌、刘道规等率众不足万人，自寻阳西上。
五月，与桓玄遭遇于峥嵘洲(今湖北黄冈西北)，刘毅等以少击众，又因风纵火，击败桓玄主力，其余部溃不成军，夜烧辎重而逃。义熙元年(405年)正月，刘毅等到达江津，破桓谦、桓振，收复了江陵。三月，晋安帝司马德宗也到达江陵，并下诏书：“古称大者天地，其次君臣，所以列贯三辰，神人代序，谅理本于造昧，而运周于万叶。故盈否时袭，四灵通其变;王道或昧，贞贤拯其危。天命所以永固，人心所以攸穆。虽夏、周中倾，赖靡、申之绩，莽、伦载窃，实二代是维，或乘资藉号，或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策用为美谈。未有因心抚民，而诚发理应，援神器于已沦，若在今之盛者也。朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，乘衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏。遂诬罔人神，肆其篡乱。
