在六部中，仅次于吏部、第二重要的部分是户部。户部的功能并不像它字面意思那样只担任一个国家的户籍，相反，它的担任规划非常大，它办理着全国的财政、民政、人口户籍、国土资源、地下矿产、海关、税收、审计，等等。现代国家为了科学办理和精细化办理，会将收钱的、用钱的、审计的都分隔，国内税收和海关关税要分隔，国土资源和动力矿产也要分隔，乃至有些省份把煤炭之类的都独自分出来，建立专门的部分。但古代并没有这样的认识，只要和人有关、和钱有关的，全归户部管。
吏部的官吏有两百多人，但户部的官吏却有四百多人。吏部有四个司，户部有十四个司，在规划上完胜吏部。户部的十四个司不是依照详细事务区分，而是依照地域来分的，比方浙江司、江西司、福建司、湖广司、山东司、广东司等。每个司担任办理一个或许两个省的事务，一起兼管一项全国性的专门事务。比方，浙江司除了掌管浙江的民政赋税外，还担任计算全国人口和谷物；云南司兼管漕运粮食；贵州司兼管全国的海关和关税；江西司办理全国各地的协饷。''协饷''的意思便是，由于各个省份的财政收支状况不同，有的省份盈利，有的省份亏空，江西司就担任调剂盈利省份的赋税去援助亏空的省份，这叫作协饷。广西司兼管采矿、铸币和内仓出纳；福建司兼管抗震救灾。只要一个司没有兼管事务，那便是山西司。山西司只担任山西赋税，不兼管其他。
户部组织比较杂乱，除了主体事务司，第二部分便是一系列的行政辅佐部分。清朝的户部有些特别，它下设''八旗俸饷处''，清朝八旗子弟有''铁杆子庄稼''，能够准时收取口粮，由户部八旗俸饷处办理。户部''现审处''，担任审阅八旗子弟的民政和财政诉讼，至于刑事案件，仍是由刑部来审。户部还有一个特别的部分，叫作''捐纳处''，用现在的话讲便是专门担任卖官收钱的。历朝历代都在买官卖官，但不能直白地说。清朝就说是老百姓报效朝廷，自动捐钱纳物，所以叫作''捐纳''。当然，户部也有清档房、司务厅、饭银处等部分。户部的饭银处，除了办理本部分的饭银和行政开支外，兼管向其他部分的饭银处拨款。等于说是，吏部饭银处需要到户部饭银处拿钱，再给吏部的官员发膳食补贴、行政费用等。
以上这两部分组织组成了户部的本部，户部还有一些隶属组织，相对独立工作。第一个是''钱法堂''，相当于造币公司。钱法堂下面又设立了''宝泉局''，担任造币，宝泉局就相当于印钞厂。古代交通运送和通讯不发达，所以并不像现代全国只要一个造币厂。要不然像云南、黑龙江这些遥远省份，从首都千里迢迢运铜板曩昔，本钱太高了。所以，清朝答应各个省自己造币，所以全国就有许多造币厂。各省的造币厂一般叫作''铸币局''，由布政使主管，冠以省份的简称，比方浙江省铸币局叫作''宝浙局''、山西省铸币局叫作''宝晋局''，各局严厉依照钱法堂的规范来铸币。这时候工部就有意见了，有许多工程，用钱量很大，大老远运送钱银很费事，也要自己造币。朝廷也答应工部具有造币厂，就地造钱，叫作''宝源局''（与户部的''宝泉局''并为''源泉''）。
户部还担任办理京畿区域的粮仓。南边的漕粮运到北京后，会集贮存于京畿区域的各大粮仓，由户部统辖。户部派遣一名侍郎主管此事，叫作仓场侍郎。仓场侍郎担任漕粮的抵达、检验、运送、保管和发放等流程，驻扎在通州新城，下设有郎中、员外郎和各库房监督等。仓场是肥差，并且比较独立，简直自成一个体系。现在的北京通州区到朝阳区，尤其是通惠河两岸，曾经便是仓场体系的地盘。现在朝阳门邻近的''南新仓''，便是清代的一个国家粮仓，主要给北京城八旗子弟发放口粮。
户部办理朝廷''三库''，一个叫银库，一个叫缎带库，一个叫颜料库。其间最主要的是银库，朝廷一切的钱都存在银库，要用钱，都经过银库来盘转。清朝后期，户部库银藏银维持在百万两等级，超越千万两便是罕见的盈利了。缎带库藏的是缎带布疋，而颜料库保管的并不是颜料，而是各种杂料，比方家具、檀香、文具等。各国进献贡品，部分也归颜料库保存。清朝往往会派一个大臣专管三库，叫作''办理三库大臣''。这个人选极为重要，当年和珅就干过这事。各库又分别有郎中、员外郎、司库，等等。清朝办理三库的一切官员都由满族人担任。