不料大师的所作所为激怒了日本侵略者，1939年10月19日，大师和明暘法师弟子二人遭到日本宪兵的逮捕，次日《申报》刊登的一篇报道记载了当时大师在讲堂内被捕的情形：
“昨日下午十二时三十分，突有日方便衣人员六七人及翻译华人一名，乘坐五四三七号汽车一辆，至大西路忆定盘路东华界门牌四四三号公共租界门牌D字五十号中国佛教总会会长圆瑛法师所设之讲经堂门首，戛然而止，车上日人，即纷纷连袂入内，将正在讲经之圆瑛法师及另一僧人挟至门外，时日方已另派一五一四号汽车一辆跟踪而来，日人等乃将圆瑛等一并推入该车，疾驰而去。”
1939年新闻界关于圆瑛、明旸法师被日寇拘捕时的报道。
当时报道中的大西路和忆定盘路分别对应着今天的延安西路、江苏路。大师被捕后的情况，据明暘法师后来撰文说：
“在日本宪兵司令部，先师受到严刑拷打。日本宪兵队用手枪指着他的胸膛说：‘你怕不怕死？’企图迫使先师承认‘抗日救国有罪’。牢房里过了一夜，次晨又将我师徒二人押上军车，解往南京日本宪兵总司令部。宪兵们面目狰狞，虎视眈眈，气氛非常紧张，而师一心念佛，平静如常。每当夜阑人静，万籁俱寂时刻，日本宪兵就对先师进行严刑审讯，态度野蛮。师几濒于危，仍从容陈辩，理直气壮，义正辞严，表现了中国人民大无畏的民族气节。先师虽身系囹圄，心念地狱、天宫皆为净土，除审讯外，见缝插针，连续打了三个‘净七’（注：净土宗的修行方式，指在七日内专心参究或专心持名），并绝食，以此与日本侵略者作斗争。”
日本人囚禁圆瑛师徒长达一月之久后，终于将他们无罪释放，此后又多次到讲堂诱请大师担任“中日佛教会长”的职位，都被大师严词拒绝，直到抗战胜利。
革新与守旧
大师晚年的大部分时间仍然是在圆明讲堂中度过。1953年6月，中国佛教协会在北京成立，大师因病请假，没有出席会议，不过还是被众人推选为中国佛教协会第一任会长，这一结果足以表明当时大师在全国佛教界的声望和地位。三个月后，大师撒手西归，圆寂于宁波天童寺。
1952年秋，大师（前坐者）在北京中南海召开亚洲及太平洋区域和平会议时和赵朴初居士（右立者）及明旸法师（左立者）合影。
作为中国现代佛教史上的重要人物，提起圆瑛大师，就无法不想到另外一位更有名的高僧——太虚大师。他们二人总是被视为守旧派和维新派的代表，出现在后人的叙述中，仿佛圆瑛就是一个顽固的因循守旧之辈。但实际上，二人的佛教改革理念并非驴唇马嘴、水火不容，而是存在颇多相融相通之处，这一点学界已有大量辨析，相比太虚的激进革命主张，圆瑛的做法只不过更加务实稳健，更容易为传统僧人接受。
以僧才教育为例，当传统培养僧人方式不再适应当代佛教发展需要时，圆瑛大师便提出借鉴近代教育模式，开创宗教教育机构，对僧人进行系统教育，对信众进行规范的佛教知识普及。他一生中依托著名寺庙，先后创办了多所佛教教育机构，培养出大量符合时代要求的佛门弟子。
大师的另一位弟子明哲曾回忆过师父的教学方式：“在教育方法上，他一贯主张解行并进，即理论与实践相结合。先师住持宁波天童寺道场时，就是这样做的。冬天进禅堂坐禅习定，农忙时参加劳动生产，夏天则开讲《楞严经》。住持上海圆明讲堂时，他创办了楞严专宗学院，对学僧解行并进的要求更为严格。首先注重僧仪，在功课法乐唱念上，要达到高的水平；其次更注重精研教理。他教导学僧们既要专听，又要善记；既要会讲，还要实行。”
自从二十岁以来，圆瑛大师每隔十年都要写一首口占诗，他的《七十口占》已臻于化境：“行年七十老头陀，满眼风光会也么？万法皆空忘物我，寸丝不挂泯机梭。穿衣吃饭西来意，瞬目扬眉一笑过。任运随缘消岁月，了然无佛亦无魔。”
圆瑛大师一生禅净双修，利益众生、绍隆佛种，与上海结下不解之缘。昔日多见福建古田、浙江宁波两地对大师颇多纪念，唯独沪上缺席，大师纪念塔和圆明讲堂两处遗迹同样寂寞无闻，故心生感念，作此文，以彰其德。
