洪武元年（至正二十八年，1368年）正月，朱元璋称帝建明。到八月，徐达大军攻入大都，明朝的北伐以胜利而告终，自此，元朝灭亡。不过，蒙古人的帝国并未就此终结，就在徐达攻入元朝上都前夕，元顺帝携带家眷和大量北元官僚逃亡到上都，继续元室的统治，史称北元。
北元虽然偏安一隅，疆土远不及元朝，但是它却是蒙古族历史上经济、文化快速发展的时期。对于明朝统治者来说，北元是他们的眼中钉、肉中刺，誓要将它覆灭不可。从朱元璋到朱棣，明朝曾多次北伐，进攻北元。可是，明朝始终没有彻底将北元势力铲除，这个由蒙古人创造的北方帝国，伴随了整个明朝的历史。
退守北漠，中原尽失
徐达将军率军攻占大都前夕，元顺帝携带家眷，逃亡上都。元朝灭亡了，但对于元顺帝来说，他并非没有南下反攻的机会。这时的蒙古人，除了元惠宗坐镇的蒙古故地以外，还有扩廓帖木儿占领的山西、甘肃，纳哈出占领的辽东，把匝剌瓦尔密管辖的云南。而且，北元与高丽、畏兀儿等势力仍保持着联系。所以说，北元手中还有着一份不可小觑的力量。
可是，北元面对的是从战火中建立起来的大明，是身经百战的朱元璋、徐达和常遇春等人。至正二十八年（1368年）冬，元惠宗命大将扩廓帖木儿从山西出兵夺回大都，但还在行军途中，朱元璋就洞悉元军意图，他命徐达率军突袭太原。元军回救，损失惨重，山西被明收复。次年，上都被明军攻破，元军一万将士被俘，元惠宗退往应昌。
即使这样，蒙古人还是心心念念着黄金家族辽阔的疆土，他们不舍土地和财富，不断南侵，试图夺取政权。明朝深受其害，为了铲除祸患，十五万明军于宣光元年（1371年）兵分三路，出击漠北。然而这场北伐明军却没有占得便宜，冯胜率领的西路军和徐达率领的中路军都失败了，只有李文忠率领的东路军取得胜利。
此战给北元赢得了喘息的机会，朱元璋也不敢轻举妄动，他转变思路，设置卫所，招降北元的诸王将士。这个政策起到了很好的作用，北元诸将士纷纷归附明朝，反对明朝的势力被大大削弱。
从北方稍微腾出手以后，朱元璋向云南出手了，他命傅友德、蓝玉、沐英等人率军进攻云南。不久，云南平定。平定完云南以后，朱元璋又让蓝玉等人进攻辽东。见明军来势汹汹，纳哈出率部投降，辽东尽属明有。
皇权旁落，内斗不止：
收复辽东以后，明朝将北元和高丽等地的联系切断。朱元璋抓住机会，发动了捕鱼儿海之役。这一战以后，黄金家族丧失了在蒙古人中的中央汗国地位，蒙古各部落纷纷独立，北元陷入内乱。这期间，有两支蒙古势力崛起，他们分别是鞑靼和瓦剌。
在明成祖和仁宣之治时期，不论是鞑靼还是瓦剌，都不敢拂逆明朝。可是到明英宗统治时期，统治了蒙古东部的也先以明朝拒绝贸易为由，率部进攻明朝。土木堡之战中，也先击溃明军，生俘了御驾亲征的明英宗朱祁镇。三个月后，也先卷土重来，率部进攻北京。于谦等人坚守北京，击退了也先，这才避免了亡国之祸。
也先回到瓦剌以后，与傀儡大汗脱脱不花发生争执。也先发兵攻打脱脱不花，并下令，“凡故元头目苗裔无不见杀。”在将黄金后裔大量屠戮以后，也先自称“天圣大可汗”，建号“添元”。也先利用军事和外交手段，“乘胜迫胁诸蕃，东及建州、兀良哈，西及赤斤蒙古、哈密”，自此，瓦剌势力达到鼎盛。（《明史》）
然而，也先的举动也招致了许多人的不满。最终，也先被人暗杀身亡，他死后，瓦剌逐渐衰微，后分为其长子博罗纳哈勒统领的杜尔伯特部和次子阿失帖木儿统领的准噶尔部两部分。
当然，对于黄金家族来说，也先和瓦剌人都是外来者，成吉思汗的后裔才是北元的正统。但是，当也先死时，成吉思汗的子嗣们却忙于内斗，他们争权夺利，一直到达延汗上位，北元才实现短暂的中兴。