最后，大概和珅是恨李侍尧的，临离开云南时，又上奏补了一刀。说他在审理命案的时候，将赃款“金六百两、银一千两”改成了“金六十两、银七千五百两”，因此追缴赃款的时候仅将“银七千五百两全数实解”，侵食了五百余两黄金。
这五项罪状中：贪污、侵占、索贿、欺君都占全了，再加上还出现了总督“带货”这种荒唐事，乾隆皇帝怎么可能不龙颜大怒。
李侍尧认罪后，其家产被做了一番处置，搜出的未及上贡的贡品自不必说，还有就是各类丝织品、生活应用之物，但并无逾制之嫌，虽强于寻常人家，也不算极尽奢华。
比较可观的是李侍尧名下房产的处置：其中一所李侍尧新盖房屋，“共一百四十三间，内成造未完房六间，其余大小房间游廊亭子共一百三十七间俱已完工。”对这一处新房尚未入住，六月二十一日做出最终处置：“所有李侍尧入官中所房屋一处，著赏给和珅作为十公主府第。”也就是给乾隆皇帝的女儿作了嫁妆。
这一年，和珅的儿子丰绅殷德五岁，刚刚被皇帝赐了名字，指定为驸马。
剩下的房产共有二十八处，共计六百八十八间，地基四块，遍布京城，不但四九城都有，且远至海淀。
在山东行在，乾隆皇帝找来了随营的江南提督李奉尧，也就是李侍尧的弟弟，以及李侍尧两个儿子来问话，三个人知道大事不妙，跟皇帝面前甩了一番的锅，然后摘下帽子，连连叩头。
此番情景，被李侍尧派到山东送折子的云贵督标千总陈连升看见。陈算是忠心李侍尧的，他凑过去跟李的两个儿子问安，二人问他李侍尧是否尚在省城，他说在。
此时陈连升心里似乎有了数，想连夜赶回昆明报信。跑得他的骡子腿都折了，他就想用官府发的马牌去驿站借马，结果在湖北澧州被逮了个正着，乾隆皇帝看了审问情形，称其“甚为可恶”，要求从重治罪。
对李侍尧的调查分为两个小组，一是南下的和珅一组，一是留在北京的英廉一组。
巧的是，和珅正是英廉的孙女婿，也是借着英廉开始在官场得势的。二人的办事方式迥然不同，英廉因循谨慎，因此被乾隆责备多次，和珅果断利索，料理此案后，颇得皇帝赏识。
在北京的英廉主要审理李家在京的家人连国雄、八十五。正月，李侍尧因要办“万寿贡”，交家中白银五千二百两，又以修葺房屋为名，刚刚命亲随张永受从昆明送了七千两银子回京。
关于银两数量，英廉折腾了好几次没有审明白，甚至连“八十五”此人到底是不是叫“七十五”（满洲人习惯以数字起名）也没搞清楚，惹得乾隆皇帝大为火光。
不过所幸的是，英廉对李侍尧在京家产查得比较具体，方便了皇帝接下来抄家。
那边厢的和珅就利索多了，他到了昆明之后，并没有——也不敢直接对李侍尧下手，而是拘捕了他的亲随张永受。
李侍尧的此番说辞，简直是教科书般的检讨，要点有以下几个：感恩皇帝；我之前没有贪污过，暗示贪污和办贡无关；我是自己思想问题，才收受贿赂的；希望皇帝严惩。
这几个环节下来，不但将皇帝的责任摘的干干净净，而且三观极正。
所以这就暗示着，李侍尧宦海的第二次崛起：
乾隆四十六年（1781年），甘肃撒拉尔回人苏四十三为乱，乾隆帝派遣大学士阿桂前去视察，特旨授予李侍尧三品顶戴、孔雀翎，前去甘肃管理军事。
乾隆五十年，李侍尧被实授为湖广总督。
乾隆五十二年，入朝觐见乾隆帝，同年台湾林爽文起义，清廷调李侍尧为闽浙总督。
乾隆五十三年，台湾平定之后，乾隆帝再次下命将其图像挂于紫光阁，位列前二十功臣。同年十月，李侍尧病逝，谥恭毅。
可见李侍尧在给皇帝买礼物的同时，确实没有亏了自己。这些房产被内务府记名变卖，价值两万一千余两。
也就是说，钱最后还是进了皇帝的私人金库。且卖房的方式比较时髦，由京城官员认购，首付房款的一半，接下来的按年从俸禄中扣除，应该算是今天房贷的原始形态了。
关于李侍尧本人的处理方式，乾隆皇帝下督抚集议，也就是让各省督抚大员都提提处理意见。奏折大体分成四类：
第一，从重处理。应如大学士九卿所拟从重改为斩决，为大臣者戒。这是大多数封疆之吏的意见。
