美国当局政府怒不可遏，国会在一项决议中谴责了马耳他的行动。但这不是结局，美国联邦调查局已经开始暗中计划再次抓捕雷扎克。
出狱后，雷扎克去了非洲西部的加纳。在美国政府的施压下，加纳政府虽拘留了雷扎克，但却一直不把他交给美国。
直到1993年7月，加纳政府释放了雷扎克，并告知美国他将乘飞机去往尼日利亚，而尼日利亚和美国早已达成协议。雷扎克刚到尼日利亚拉各斯机场，就被美国特工当场逮捕带回了美国。
雷扎克在被美国关押了三年后，华盛顿特区最高法院对其进行了为期一个月的审判。
1996年7月19日，在11年前的杀人游戏中幸存的以色列人阿尔齐，美国人贝克和弗拉格都坐在证人席。
雷扎克在为自己辩护作证时，讲述了自己在饱受战争蹂躏的中东长大、失去家园、生活在难民营中的经历。他说，“在联合国开办的学校里，巴勒斯坦教师教会我仇恨。”最终他加入了从巴勒斯坦解放组织分裂出来的激进组织“阿布·尼达尔”，并被选为埃航劫机者。
雷扎克最后用蹩脚的英语说，他为中东和平祈祷，“如果没有和平，这将一次又一次地发生。”
最终雷扎克因空中劫持罪被判处无期徒刑，被投入了美国伊利诺伊州一所专门关恐怖分子的监狱。
遗留的几个疑惑
美国特遣部队在救援准备工作中扮演了什么角色？为什么马耳他不允许美国专家进入机场？美国的三名反恐专家本来携带了一种先进的探测装备（一种识别并定位机舱中劫机者的导航定位装备），也许可以避免在袭击中丧生这么多无辜的生命。
(图说：警察在事发后检查伤亡情况。图/Times Malta)
埃及突击队是真的能力低下，还是行动因误导的信息而低效？为什么机上有四五名埃及安保人员，但其中只有一人抵抗劫持者？其他埃及安保员为什么没能营救他们的同事? 还是648航班上只配备了一名安保人员？
救援行动为何突然提前？埃及总统为何不顾与马耳他约好的时间就提前下达突袭命令？地中海的这个弹丸小国，在整个案件里，只能提供医生和食物，处理事后残局，但他们无法控制被劫飞机落地，更无法让它再次起飞。
（图/Times Malta）
劫机者使用的武器来自哪里？何时被带上飞机的？是在这架飞机从开罗起飞前？还是降落雅典后再次起飞准备返回开罗而被迫飞往马耳他之前？难道武器是在雅典机场偷渡登机的吗？
劫机者是以什么身份怎么登机的？经事后调查，唯一幸存的劫机者雷扎克所持的是名叫奥马尔·马尔佐基的突尼斯护照，而另外两个劫机者用的是摩洛哥护照，上面的名字是S·布依和S·查科尔，明显都是假护照。
机长加拉尔在事后的采访中提到，劫机者的口音听上去像黎巴嫩人，甚至有可能是叙利亚人。人们对劫机者的真实身份一直饱有争议。也许，他们自己也不知道到底国籍在哪、家园何在。
劫机者的最终任务或目的是什么？行动有没有幕后黑手？在他们控制飞机的24小时内，并没有提出任何政治诉求，没有要求交换囚犯，也没有说出任何可能透露他们身份或政治思想的话。他们对马耳他当局的要求就是食物、燃料、医生和打扫一次厕所。
埃及总统穆巴拉克表示，劫机者的目的是阻碍中东和平进程，破坏埃及的稳定和名誉。
而瓦尔塔的高级外交官担心，劫持行动只是向一种虚无主义的、近乎仪式性的杀戮方式转变，“他们不是普通劫机者，他们可能只是为了毫无悔意地杀人。这是盲目的恐怖主义，恐怖主义本身就是目的。”
