而后，距今4800年至4200年间的福建和毗邻岛屿人群，显示含有更多的古北方人成分，这表明到新石器时代晚期，南北人群的融合与交流进程出现强化趋势。
但是直到现在，南方人群中的古南方人成分整体比例下降非常多，多到有些甚至以古北方成分占主导；而北方人群仍是以古北方人成分占主导。研究推测，在新石器时代以后，可能出现黄河以北人群大规模地向南迁徙，使得古北方人成分大量传播、扩散到南方，由此对南方人群产生显著的基因影响。
整体来看，中国人群在南北地域之间的演化和互动历程，反映出我国近万年来人群的基本连续性，也就是说这些人群的演变更多是由于内部的基因流动所带来的变化，并没有受到大量外来人群的影响。
4.南岛语系人群起源于中国大陆南方
这项研究还有一个意外的发现，南方大陆距今8400年前的福建奇和洞人，显示与太平洋的岛屿人群有着非同寻常的遗传联系。由此可见，我们的祖先向外探索的脚步，其实比我们想象的要早得多。
这又是一段怎样的历史呢？在详细讲述之前，我们需要先了解一个特殊的人群——南岛语系人群。南岛语系是现在世界上唯一主要分布在岛屿上的一个语系，包括大概1300种语言，也是世界上分布面积最广的语系之一。南岛语系人群就是指使用这些语言的人群，他们的分布非常广泛，从非洲的马达加斯加岛，到南美洲西面的复活节岛，从北边的台湾岛和夏威夷群岛，到南边新西兰广阔海域内的岛屿。
关于这一人群的起源，学术界长期存在争议。考古学研究发现台湾地区早期的考古学文化与大陆东南沿海考古文化之间具有很多共同点，这种密切联系反映出南岛语系人群的起源地可能在中国东南沿海地区。部分现代遗传学研究认为，台湾岛是南岛语系人群起源地。还有部分现代遗传学研究通过某些方法推断，东亚南方内陆是南岛语系人群起源地，却没有确凿的证据。对此，付巧妹团队的这项古DNA研究，给出了明确的回答。
这项研究获取的古南方人基因组有：南方大陆8400年前的福建奇和洞人、距今4800年至4200年间的福建昙石山人和溪头村人，及台湾海峡距今8300年至7500年间的亮岛人、4800年前的锁港人等的古基因组。通过分析研究发现，4000多年前南方大陆上的古人群与台湾岛屿上的古人群都含有8000多年前的古南方人成分，他们都属于古南方人群。
通过主成分分析，可以发现古南方人群跟3000多年前的瓦努阿图人和现在的南岛语系人群，比如台湾的少数民族（阿美族、泰雅族）因高度的遗传相似性而“聚”在了一起，而且相较于现在的南方大陆人群，明显向南岛语系人群倾斜。此外，通过结合欧亚其他地区的古代和现今人群的基因组数据，构建起系统发育关系树，可以发现不管是新石器时代早期还是晚期的古南方人，都与太平洋岛屿上的古南岛语系人群——3000多年前的太平洋西南部瓦努阿图岛民是相似人群。
这些证据表明，南岛语系人群明确起源于以中国南方福建及毗邻地区为代表的古南方人群，而且时间至少可以追溯到8400年前。
如果从更广阔的视角来看，东亚人群的迁徙在主体上呈现出“从北向南，从南向更南”的趋势。也就是说，我们可以观察到，东亚古北方人群对古南方人群产生影响，南方人群受到后期北方人群的压力后，继续向更南迁徙扩散到太平洋岛屿上。
5.沿海是亚洲人群交流的通道
这项研究还反映了一个有意思的现象。海洋不但没有对人群造成隔离，反而很有可能是当时人群互动和基因交流的一个非常重要的通道。
在研究之初，付巧妹团队便获得台湾海峡的亮岛人基因组，虽然亮岛离福州仅仅24公里，但是团队依然存疑，亮岛人能否代表典型的古南方人？因为岛屿是一个非常特殊的环境，岛屿上的人群和邻近的大陆人群可能也会存在很大差异。例如印度安达曼群岛的一个人群，叫Onge（翁奇人），他们过着狩猎采集的生活，人口只有不到100人。由于地理的隔离，他们跟印度半岛大陆上的人群有很大的遗传差异。所以，亮岛岛屿上的古人群也有可能与南方大陆古人群存在很大差异。
于是，基于研究的严谨性追求，付巧妹团队排除万难、历时5年获得更具代表性的南方大陆古人群样本的基因组，从而明确：新石器时代早期中国南方大陆和毗邻岛屿的人群就已经互通往来，并没有形成隔离。
