妇女受到塔利班暴行的影响更大。他们被当众殴打，甚至被杀害。无辜的阿富汗妇女被迫加入“圣战组织”，其中女儿和妻子被强行送到恐怖分子那里进行性服务。美国前总统乔治·w·布什担心阿富汗妇女和女孩将“遭受无法形容的伤害”这让他质疑撤军的决定，这导致这个饱受战争蹂躏的国家被塔利班武装分子吞并。“我认为后果将是难以置信的糟糕，”他说。
现在，塔利班武装分子正试图在他们最近占领的地区实施基于伊斯兰教法的严格镇压性规则。他们颁布的新法令禁止妇女在没有男性同伴的情况下走出家门，同时强迫男子留胡子。社会活动家梅拉胡丁·沙里菲说，他们还为女孩制定了嫁妆规定。他们在一份声明中敦促女性在没有男性亲属的情况下不要离开家。塔利班坚持在没有证据的情况下进行审判。还有一些对女性的制裁。现在他们不应该坐出租车，总是穿着罩袍。塔利班废除了旧的记忆，禁止音乐或任何视听娱乐的制作和发行。
阿富汗塔利班是一个什么样的组织？为何让女性感到害怕？
塔利班的宗教思想不仅独树一帜，而且还被付诸实践，成为当代伊斯兰复兴运动的独特景观。尽管人们一般将之贴上“保守”、“狂热”、“反动”等标签，但不能否认塔利班是一场现代的宗教-政治运动。塔利班没有形成系统的宗教哲学和形而上的思辨体系，这不影响其意识形态的整体性。总体看，塔利班宗教思想是迪奥班迪派、瓦哈比主义和普什图部落政治文化的混杂。
此外，由于塔利班成员来自于普什图部落地区，他们不可避免地会受到普什图瓦利（部落习惯法）的影响主要体现在以下几方面：
第一是政教合一的国家观及“哈里发制”的重建。塔利班是一场“返璞归真”的宗教政治运动，它反对现代政党制度、议会民主制和宪政制度，认为这是西方道路，与伊斯兰教精神相悖。其政治思想核心就是以沙里亚为基础，重建先知时代政教合一的“哈里发制”。哈里发是“哈里发制”的核心。塔利班首领奥马尔自诩为“埃米尔”（Amir al-Mu’minmin），即“信士的首领”。该称号在阿富汗本就是“哈里发”的代名词。
因此，奥马尔不仅是政治和军事首脑，而且还代表真主拥有宗教权威。塔利班认为，奥马尔是伊斯兰世界最有威望和值得尊敬的人。在形式上，埃米尔依据旧制由宗教人士选举而来。1996年4月4日，奥马尔在坎大哈的圣地请出了先知穆罕默德的斗篷，而在场的1 527名毛拉齐声欢呼，奥马尔就任埃米尔，“阿富汗伊斯兰埃米尔国”由此成立。阿富汗原有的政治制度被彻底废除，政权完全由宗教人士垄断，奥马尔在具体问题上也征求宗教人士的意见，体现毛拉治国的思想。部落首领、世俗的城市精英、苏非派的皮尔（导师）等传统政治力量则被排除于政权之外。
位于喀布尔的“喀布尔委员会”是形式上的内阁，但却形同虚设，没有实权。巴基斯坦学者阿赫马德·拉希德曾生动描述过，“无论时局有多么紧张，他们每天只工作4个小时，部长的办公桌总是空空如也，没有任何文牍”。塔利班仿照先知时代，在坎大哈设立“最高舒拉”（Supreme Shura），作为政权的中心。该机构由10人组成，全部为毛拉，他们大多是与奥马尔共同起事的挚友。塔利班政权几乎所有的政令皆出于此。
在司法领域，坎大哈的“伊斯兰最高法庭”行使最高法院的职能，负责任命地方卡兹（法官），每两年召集所有卡兹讨论判例和沙里亚的实施情况。塔利班在各地设立“地方舒拉”，作为基层政权。该机构由平民选举产生，但由于知识分子和部落领袖遭到塔利班的排斥，当选的大都是宗教人士。从形式上看，塔利班以伊斯兰传统政治思想为基础，重建了“哈里发制”。
第二是伊斯兰化的社会观与社会净化。传统上，阿富汗具有3种并行的法律体系：国家的法律、沙里亚和普什图瓦利（部落习惯法）。历史上，阿富汗政府一直试图削弱沙里亚和普什图瓦利，加强国家的世俗法律体系，但效果甚微。沙里亚与普什图瓦利也存在矛盾，两者不仅存在宗教与世俗的分野，而且在具体问题上的判决截然不同。普什图瓦利作为不成文和非官方的传统部落习惯法，在部落地区占据主要地位。
