调查发现，孙小果是2010年4月出狱重回社会的，实际服刑不到13年。出狱后他注册多家公司，经营多家酒吧夜店，成了昆明夜场上颇有名气的“大哥”。貌似合法的公司外衣下其实做着诸多违法犯罪的勾当，开设赌场、放高利贷、非法拘禁、故意伤害，不一而足。直到2019年3月，孙小果和同伙在一家KTV打架斗殴，一脚踢爆了对方的膀胱，将对方打成二级重伤，才再次被逮捕。他的身份曝光后引来舆论哗然，网络上议论纷纷，都在猜测孙小果背后到底水有多深。
昆明市公安局刑事犯罪侦查支队一级警长蒋彪：以前的这些受害者，他们觉得当年被死刑的人都可以改判成有期徒刑甚至没坐几年牢就出来了，这是要多大的势力，多大的能力，他就觉得你们能搞定他吗？还是你们就是来走过场?
彻查并公布孙小果案的真相，关乎社会对法治公平正义的信心。政法机关对孙小果涉黑涉恶团伙犯罪展开调查的同时，纪检监察机关也成立专案组与政法机关协同办案，彻查背后的“保护伞”和涉黑涉恶腐败问题，对涉及的一百多名公职人员进行了审查调查，最终查清了这一案件中存在的公职人员徇私枉法行为。
云南省纪委监委工作人员张雪贫：中间只要有一个人是严格执法，他的这个事情就走不下去。每一个人都松这么一个小口子，最后就撕开了一个大口子。
调查发现，孙小果1998年一审被判处死刑之后，先后经历了两次改判。第一次是1999年，孙小果被判处死刑后上诉，云南省高级人民法院经二审，改判为死刑缓期两年执行。经调查，这次二审改判在事实认定和适用法律上存在错误，但并未发现徇私枉法情节。
改判死缓后，孙小果被投入云南省第一监狱，按照法律，死刑缓期两年期间没有新的犯罪，则转为无期徒刑。如果孙小果就此依法服刑，也不可能再为祸社会，然而，2003年他的母亲孙鹤予刑满释放后，又一门心思要从监狱里捞人。
孙小果母亲孙鹤予：很矛盾，也很恨他。你说不疼他吧，也不可能。总是想让他（受处罚）能够轻一点，有溺爱在里面，这是我的问题。你说做这个母亲做得失败不？很失败，真的，很失败。
孙鹤予当时已被开除公职，但李桥忠仕途又有了起色，在五华区城管局担任局长。孙鹤予于是和李桥忠提出让他再去找关系，李桥忠也就一口答应。
孙小果继父李桥忠：他是他妈生的，他妈是我的老婆，作为他的继父，他妈提出来这个东西，（我）肯定是找熟人，更好说话，更好通融。
调查发现，正是李桥忠和孙鹤予的多方运作，致使2007年9月，云南省高级人民法院对于孙小果案启动再审，并最终由死缓改判孙小果有期徒刑二十年。这一再审改判显然极不正常。
调查组循着这次再审的流程，逐一对照每一个关口的权限和职责，由此锁定了每一关的责任人，并发现多个环节都有公职人员严重徇私枉法。
立案是启动再审程序的第一关。李桥忠打听到时任云南省高级人民法院立案庭庭长的田波和自己先后在同一个部队服役，就辗转托战友约田波吃饭，并分两次送给田波10万元，希望他在立案上予以关照。
田波自己心里其实明知，这个案子不符合立案再审条件，但同时却又有种侥幸的想法，觉得自己卖个人情或许也问题不大。
时任云南省高级人民法院立案庭庭长田波：我当然觉得这个案子确实不该立案，不该立案再审，但是我觉得立起来，改和不改，那是另外一回事。即使能够立起来，你审监庭、最后审委会讨论也过不了，我是这样想的。
田波觉得立案之后反正还有审判关，但负责审判关的人可不这么看。
时任云南省高级人民法院审判监督庭庭长梁子安：再审程序第一关是立案庭，立案庭不立案我这里永远没案子。确实有错误你才能立，没有错误你凭什么立？
梁子安，正是再审程序的下一关：时任审判监督庭的庭长。他埋怨立案关没有把好，但他自己也没能把好审判关。案子到了他这里，李桥忠夫妇自然也就把他列为重点公关的对象，向他行贿十余万元。
时任云南省高级人民法院审判监督庭庭长梁子安：改这个案子的时候，实际上我当时也知道这是不对的，交给你的就是一个关口，那你把不住这个关口，后面这个是有经验教训的。
