2001年，有关阿波丸号黄金沉没之谜与“北京人”头盖骨是否藏身于“阿波丸”的争论仍无结果，一直为“阿波丸”牵肠挂肚的张智魁上书国家领导人，力主再次打捞“阿波丸”。4月，他拿出了一份详实的《打捞“阿波丸”沉船可行性报告》。
《报告》说，70年代进行的打捞虽然没有发现黄金，但至少证明了各方汇总的有关“阿波丸”沉船物资情报的准确性。关于“阿波丸”中有无40吨黄金与“北京人”头盖骨的争议，是因为那次打捞的不完整。由于当时深潜技术和深水除泥两大技术没有过关，约1万立方米的淤泥掩埋着金库、驾驶台、客房及船员舱室和机舱，潜水员根本无法到达那些位置。
中止打捞后，国务院和交通部多次派人到上海举行座谈会，听取对立双方的意见，最后，针对“阿波丸”上装载金银财宝做出“有大于无”的结论。在“北京人”头盖骨也在“阿波丸”上的重要线索出现后，中国科学院院士贾兰坡，中国历史博物馆馆长余伟超教授等许多专家、院士也呼吁彻底打捞清理“阿波丸”。
探谜、捞宝自然是打捞“阿波丸”的主要目的，而当时触动张智魁上书的，是2000年俄罗斯核潜艇“库尔斯克”号海难。由于缺少深海打捞技术，事件发生后俄罗斯一度十分被动，因此关于神秘失踪的阿波丸号黄金沉没之谜至今未解。
