第2次妖书案，从《刑部奏议》的审问记载来看，该案可分为皦生光案、周嘉庆案、胡化案、豁达案、沈令誉案和毛尚案牍。这几个人看似毫无联络，实则根本都牵连到了其时朝中的党争实力。毛尚文是郭正域的同乡。沈令誉是医师，由于给郭正域家人看病，然后参加了郭正域进行的政治活动，并在这些活动中充当了郭正域与外界联络的信使。胡化是湖北荆门的一个小官，妖书案产生时，他正在京师寻找机会上告州官阮上卿等人，因形迹可疑被捕。他与郭正域为同乡同年。豁达，万历年间抵达京师，结交名僧。二十七年，为解救南康太守吴宝秀进京，在京的行为被许多执政者所不容。被拘捕是由于与沈令誉有关。由于豁达交游于京师时，沈令誉是其侍从之一。周嘉庆是锦衣卫督，是仅有一位被卷进并遭到酷刑拷训的任官，他的被卷进，直接源于同官之间的争权，从而成为其时不同政派之间的直接牺牲品。仅有与党争实力联络不大的是皦生光，他作为一个“斥员”，靠欺诈营生，将其称之为无赖一点点不为过。
统观这六人，除了皦生光，他在党争中起的效果非常有限，是妖书案的直接牺牲品。其余人与郭正域或多或少都有联络，他们被卷进的背面有着明晰的政治联络链。由此可见，妖书案影响甚广的一个重要原因是党争。第2次妖书案产生的时分，是以沈一向为首的首辅集团与沈鲤为首的次辅集团奋斗的时分，沈一向为了架空沈鲤、郭正域等人，便指派翅膀将与郭正域有关的人收罗进案中，以此来增强自己的实力。
两次妖书案尽管都与“国本之争”有关，但究其本质而言，仍是晚明党争的另一种方式。
