退守山海关的吴三桂在战略上堕入边外清军和边内大顺军的夹攻，骑虎难下的吴三桂终究挑选联合清军对立大顺军。尔后，在吴三桂的正面迎击和清军的奇兵突袭下，大顺军惨败，吴三桂和清军“大北贼众，追杀至四十里，贼首尾不相顾，遁走燕京”。自此，包含山海关在内的整个辽东镇已为清朝所占有。
清军入关后，简直没遇到大的反抗，便占有了原蓟镇、宣府、大同等地，尔后又出动军队占据了山西区域。清军占有山西之后，兵分两路进攻陕西，一路由山西、河南西进，一路由边外蒙古区域过河套进攻陕西三边，清军势不可当，李自成被逼逃离陕西。顺治二年正月，“以西安大捷、三秦平定，上御武英殿受朝贺”。自此，明朝九边区域皆为清军所操控，也为清军进一步南下奠定了根底。
