后来跟着晚清政治堕入溃散，总督实际上现已是当地上的土皇帝，再加上朝廷要求他们征集乡勇，自筹戎行抵挡太平天国，所以像曾国藩、李鸿章从此就具有了自己的私家武装部队。慈禧西逃期间，其时这些总督们一同密议，假如慈禧和光绪遭受意外的话，他们就把李鸿章推出来掌管朝政。
但惋惜的是慈禧命不该绝，这一方案没有成功。而慈禧在西逃时，这些总督们还策划了东南互保协议，不遵从慈禧向西方列强开战的指令，由此可见彼时的当地和朝廷现已分庭反抗，慈禧的权利现已大打折扣。
她先是指令各省总督说：
此次之变，事机杂出，均非预料所及，朝廷稳重邦交，亦不待智者而后知。……此都中近来景象也。全局安危，正难逆料。尔滨海沿江各督抚，惟当懔遵迭次谕旨，各尽其职守之所当为，相机审势，竭力就事，是为至要。
后来听闻各省总督拒不奉诏，慈禧十分气愤，以严峻的口吻呵斥各省总督说：
尔各督抚度势量力，不欲轻构外衅，诚老成谋国之道……尔各督抚勿再迟疑观望，敏捷筹兵筹饷，力保国土。如有疏失，惟各该督抚是问
但到了后来，跟着东南互保已成现实，并且义和团在八国联军的进犯下溃不成军。慈禧意识到“惟各该督抚是问”现已不可能了，这个精明的老婆子只好话锋一转说：
当京师打乱之时，曾谕令各疆臣坚守封圻，不令一起开衅。东南之所以明订约章，竭力保护者，悉由遵奉谕旨不欲失和之意。
如同东南互保便是她的主见相同，慈禧只好经过变相称誉李鸿章他们的方法为自己开脱了。可见清朝晚期的总督的确现已成为当地上的土皇帝。
