就这样，锦衣卫组织出现了。这些人打扮成多种身份潜伏各处收集情报，锦衣卫首领毛骧，将各县上交的情报进行汇总，很快便有了一份“胡党”名单。
随着阻隔占城使节，私赏罪妾和里通倭寇等案的被揭发，胡惟庸欺上瞒下的罪行一一暴露。另外，加上云奇告变，最后促使朱元璋对胡惟庸下达了死亡判决。洪武13年，也就是1380年的正月，胡惟庸被官军押赴刑场，惨遭凌迟处死。
在处死胡惟庸之后，朱元璋立即颁布了《昭示奸党录》。朝臣们原以为朱元璋针对的，只是胡惟庸和极少数亲信。但他们没想到，最后被处以极刑的钦犯，多达三万人。朱元璋随即罢除中书省，最终大权独揽。
而在清剿胡党的过程中，仪鸾司也悄悄完成了它的职能转换。洪武15年，朱元璋亲自驾临拱卫司，将其改名为锦衣卫指挥使司。设指挥使一人，官至三品;同知二人，官为从三品。下属机构有南、北镇抚司，其中北镇抚司专理诏狱。
锦衣卫，这个贯穿有明一朝的间谍组织，至此走上了历史舞台。锦衣卫密探从此无孔不入。在战场上，他们要终日奔波获取军情;在朝内，他们还要负责监视文武百官。
据明史记载，大学士宋濂在家里面请客。第二天，朱元璋突然问他：“昨天有没有饮酒啊?家中来了客人是谁呀?”宋濂都如实回答。朱元璋笑道，“你没有骗我”。宋濂退朝之后，汗流浃背，惊惧不已。
洪武18年，胡党之案再起波澜，短短五年内，被牵连进此案的功臣，自李善长以下有21位。族诛、连坐、流放的有数万人之多，朝中文臣几乎为之一空。
洪武25年，也就是1392年，年过六旬的明太祖再也不是当年那位春秋鼎盛，叱咤风云的帝王了。这些年，马皇后病逝，甚至连太子朱标也都英年早逝，亲近的人一个个离开了自己，在身边只有皇长孙朱允文，能够让他感受到些许温暖。
然而，朱允文性格懦弱，难以驾驭朝中那些手握重兵的武将。在朱元璋看来，唯有亲生骨肉才值得信赖。所以，早先就分封诸子，靠着这些藩王掌兵来制衡武将。现在为了扫除皇长孙继位的障碍，朱元璋开始对日渐骄横的武将痛下杀手。
随着常遇春、徐达、傅友德等老将凋零故去，常遇春的内弟蓝玉渐渐成长为明朝最出色的将领。在捕鱼儿海战役中，蓝玉大军消灭和俘获北元王子地保奴，及官民七万余众，一举摧毁了北元蒙古政权的指挥中枢。
此战后，蓝玉因功封为梁国公，成为朱元璋后期朝中武将集团的首领。蓝玉自恃有功，便逐渐骄横起来，他领兵在外时，经常擅自升降将校，在军中培植党羽，甚至对皇帝的诏令也有所不从。
更为严重的是，蓝玉不仅在回师途中纵兵毁关，形同哗变，还私蓄庄奴数千人，横行霸道，胡作非为。御史上奏弹劾他，竟然命手下殴打御史。蓝宇这些嚣张跋扈的行为，开始令朱元璋寝食难安。
集胡惟庸之后，蓝玉迅速成为了锦衣卫重点关照的对象。此后，蓝玉的一举一动都尽在皇帝的眼中。洪武26年，也就是1393年的一天，蒋献和几位头领，在整理完蓝玉谋反的罪证之后，随即带领锦衣卫前往梁国公府抓捕蓝玉。
在朱元璋的授意之下，锦衣卫在赵玉那对蓝玉动用了各种刑罚。遍体鳞伤的蓝玉，为求速死，一口承认了所有的谋反罪行。朱元璋以谋反罪，将蓝党成员抄家灭族，自公侯以下被杀的官员及家属，约一万五千多人。
经过“胡蓝党案”，朝中大臣几乎被杀一空。而当外廷威胁清理完毕之后，朱元璋也开始削减锦衣卫的职权。在传位皇太孙朱允文之前，朱元璋深恐锦衣卫尾大不掉，便立即下令焚毁诏狱刑具，并严旨大小案件必须交给三法司审理。
为了平息众怒，朱元璋还将指挥使毛骧、蒋献二人秘密处决。这些举措都为日后朱允文继位拔除了隐患。洪武31年也就是1398年，71岁的朱元璋在南京皇宫平静的死去。建文帝朱允文登基为帝。
可是，由于开国功臣被屠戮殆尽，加之锦衣卫被消解，导致皇权削弱，结果给了燕王朱棣可乘之机。四年之后，建文帝失踪于应天城的战火之中。他的叔叔朱棣取而代之，锦衣卫也暂时的消失于历史。
