由于，这场案件的审理太过扑朔迷离，结果，各地官员和百姓均表示不服。南明王朝本来根基就不牢固，太子案使原本格局不稳的南明王朝更加松散。没过多久，清军大举南下，朱由菘仓皇出逃，被关进监狱中的年轻人王之明被老百姓救了出来，且以朱慈烺的身份成了南明皇帝。
但是，可惜的是，这个年轻人登基不满五天，南京城就被清军攻占，最终，这个年轻人也被押赴京城处死，到死也没人知道他究竟是不是真的朱慈烺。
其实，除了众人皆知的南北太子，还有不少关于太子的传说，其中有一个：太子未死，被当年东宫讲读之一李士淳带回其老家广东省梅州市，并采访到李家后人保留的东西可供参考：
首先，三百多年来，至今在李家后人所处的梅州，都会在农历三月十九拜太阳，此举实为纪念崇祯。其次， 李家现存明末修建的世徳堂，其建筑竟采用皇家规格，楹联隐含“保明”二字。还有，李家保留的一块石碑，上有“赵云阿斗兼孤命，仁贵征袍护主来” 。
