有明一代，锦衣卫一直存在。延续至1661年南明永历帝的锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀才可说是正式结束长达290年的历史。下面小编就为大家带来详细的介绍，一起来看看吧!
锦衣卫最后一人都指挥史马吉祥，永历元年至永历15年统管锦衣卫，南明政府那时候颠沛流离十数年最后到缅甸，在咒水之难中被缅王兄弟猛白尽数击杀。至此锦衣卫最后一人都指挥史死于缅甸，明锦衣卫历史也结束了。
清朝入关以后，仿效明朝制度，仍然设立锦衣卫。顺治二年(1645年)，改称銮仪卫。清朝的锦衣卫仅存在一年既改为密折闻奏。
在崇祯自缢之前，大多数的锦衣卫都是上了前线作战，后来的大部分人也在守城战里牺牲了。当然，也有一部分投降了清朝，他们最后的首领骆养性，他可以说是锦衣卫世家出身，父亲骆思恭是天启年间的锦衣卫首领，到了崇祯末年时期，他就执掌了锦衣卫，所以说他是出身世家不过分。
在李自成攻占北京后，骆养性也被活捉了，后来到了多尔衮进入北京后，他就联络很多的高级官员在城门处迎接进城，还将一系列人领进了明宫中的武英殿。在后来的顺治年间，清朝政府就颁发了一个关于给明朝的大臣升官的旨意，其中就包括了骆养性。由此可见，作为明朝皇帝最忠实的侍卫，却在大明遭难之时，选择投靠了大清。
清朝自入关以后，就接管了前朝所留的官员，其中也包括了锦衣卫，在清朝建立之时，也继续用锦衣卫的名号，却消除了原来所可以执行特殊权利的职务，让他们负责皇帝的仪仗，后来清朝就将锦衣卫改名成了銮仪卫，自此以后，拥有几百年历史的锦衣卫也就在历史上彻底的消失了。虽然清朝启用了骆养性，但是他长没有获得真正的信任，在投降后也一直没有立功的机会，不久后他就去世了。
此人身为明朝皇帝最信任的锦衣卫首脑，在改朝换代之际竟果断投靠新朝以自保，但并未获得爱新觉罗贵族的真正信任，被削去实职。后来获得外任机会，也没来得及建立新功。锦衣卫骆家这一长期寄生于明朝国家机器上的贵族家庭，没有找到新的宿主，大概也就此衰落。
清朝接管了明朝留在北京的官僚机构，也包括其锦衣卫。起初清廷沿用了锦衣卫的官名，但取消了锦衣卫侦缉、监狱的职能，只管理皇帝仪仗人员。顺治元年十二月赏赐朝中汉大臣的名单中，有“锦衣卫掌印指挥王鹏冲”之名。
然而当月清廷就“以内大臣辅国将军锡翰总理锦衣卫事。”锡翰是努尔哈赤之弟巴雅喇的儿子，是清世祖福临叔父辈的宗室。这种和皇帝直接有关的机构，毕竟还是由本朝宗室管起来比较好。次年，清廷将锦衣卫改名为銮仪卫。从此锦衣卫之名就在北京消失了。顺治三年七月， 清廷“革銮仪卫缉访人役，永著为令”。锦衣卫遗留下来的这一“特色”也不复存在。銮仪卫这个机构一直延续到清亡才废除。宣统朝避皇帝溥仪的讳，改名“銮舆卫”。