(6)对其他医药机构的管理机制：太医院对御药房的管理是通过选派太医院御医兼任御药房提督太监等职的形式实现的。对生药库、惠民药局、安乐堂、典药局等医药机构的制约也是通过御医兼职或由太医院提名委派医官任职的形式实现的。通过这种协调、制约，使明代医药管理初步形成了一种有机的体系，杜绝了各行其事的弊端。
4、清代太医院的功能
清代太医院承袭于明代，隶属于礼部，除明代太医院治则外，清代太医院还负责医书修撰。由太医院判吴谦总修而成的《医宗金鉴》一书，自乾隆时作为医学教科书以后，一直到清末沿用了160多年，这对于医学教育发挥了重要作用。
分科治疗方面，太医院对中医分科呈递减趋势，从清初沿用明朝11科，即大方脉(内科)、小方脉(儿科)、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼科、口齿、咽喉、正骨、痘疹科。至同治五年(1866)仅剩即大方脉、小方脉、外科、眼科、口齿科。伤寒、妇人并入大方脉。
考试制度方面，同治五年(1866)，改设医学馆后，改太医院旧制四季考为二季考。即在仲春、仲秋为之。凡交月课之医士、恩粮生、肄业生统由堂官面考二艺。正式考题多本《医宗金鉴》、《伤寒论》、《金匮要略》，间用《内经》、《难经》。每到寅、申年，太医院院使、院判会同礼部堂官共同主持会考。除御医免考外，所有吏目以下各员生均一律参加会考。
会考时备卷受卷均由收掌官批阅，由教习评定等第，由太医院堂官封送礼部复勘后，太医院拆封咨行，吏部和礼部注册。遇有上一级空缺，太医院咨行吏礼查核后，奏咨补用。考取一二等者，如无处分事故，按名挨次拟补;三等者，照旧供职，暂停升转;四等者，罚停会考一次;不列等者，革职留院效力，下届仍准入考。此外，太医院在光绪三十四年奏设的新医学馆，其考试规程和学部奏定中学堂考试章程相同，清朝中医考试规程之严密，值得当今借鉴。
