乾隆帝有诗云：“浩如虑其迷五色，挈领提纲分四季。经诚元矣标以青，史则亨哉赤之类，子肖秋收白也宜，集乃冬藏黑其位。”至于《四库全书总目》，由于“此系全书纲领，未便仍分四色装潢”，故专“用黄绢面页，以符中央土色，俾卷轴森严，益昭美备”。
为便于使用和保存，还专门制作精致的楠木书函，每若干册书置入一函，衬以夹板，束之绸带，书函的一端可以开闭，函面端楷刻写全书名称、书函序号以及所属部类和具体书名，并饰以与该书所属部类及书册封面相同的颜色。如《尚书详解》一函六册，函面刻写“钦定四库全书”“第二百七函”“经部”“尚书详解”，字迹均为绿色。
书册装函后，即按部类顺序放入专门制作的书架，安置阁中。计经部书二十架，每架四十八函，凡九百六十函，分贮下层两侧;史部书三十三架，每架亦四十八函，凡一千五百八十四函，藏于中间暗层;子部书二十二架，每架七十二函，凡一千五百八十四函，安放上层之中;集部书二十八架，每架亦七十二函，凡二千零十六函，分置于上层两旁。总计一百零三架，六千一百四十四函，三万六千册。
为便于查找翻阅，还另外绘制了《四库全书排架图》，一并庋置其中，需要时按图索骥，循架取书，既方便又快捷。
为表示对第一部抄成贮阁的《四库全书》的重视，乾隆帝还特别允准，在每册书的首页钤盖“文渊阁宝”，末页钤盖“乾隆御览之宝”，由此而开各阁《四库全书》钤印之先例。其后陆续抄成的内廷各阁全书，也因其阁名和成书时间先后而分别加盖不同的钤印，不仅成为各阁《四库全书》独特的标志，也成为人们称呼《四库全书》时均冠以阁名的依据。
随着《四库全书》的入藏，文渊阁的各项管理工作也提上日程。领阁事上传下达，总司其责;提举阁事直接管理一般事务，并督率所辖内务府司员具体从事看守、收发、扫除等各项杂务;直阁事、校理、检阅各员则每日轮流入值，负责书籍的查点检阅等事宜。
为便于管理，朝廷还根据原定章程，在上驷院就近拨出房屋十余间，作为领阁事、提举阁事大臣，并直阁事校理、检阅等官，以及内务府司员、笔帖式等人入值办事之所。
自此而后，“除内务府官员常川照料外”，直阁事校理、检阅等官员，则“每日轮派二人当值，辰入申出，率以为常。遇有查取书籍等事，即令当值校理经管，随时存记，以备查核。其一切上架、启函、翻检、点阅等事，仍令检阅各官会同内务府官员办理。直阁事官亦令不时赴值，公同照料，俾宝文典”。凡遇当值，皆由“官厨设馔同餐，午后乃散”。
日常入值之外，每年特定时期的曝书，也是管理工作的重点。原拟章程参照宋代秘书省每年仲夏曝书成例，定于每年五六月间曝书。但全书贮阁之后，考虑到当时宫中其他各处书籍例于每年三、六、九月晾晒的实际情形，主管大臣特别奏请将文渊阁曝书改为三、六、九月，以与宫中惯例相一致。这一建议，得到乾隆帝允准。于是，每年数次的文渊阁曝书，成为一时盛事。届期，上自领阁事、提举阁事大臣，并直阁事、校理、检阅，下至内务府司员、笔帖式等各级官员人等齐聚一堂，“将插架诸书按部请出，交校理各官登记档册，检阅各官逐一挨本翻晾毕，即敬谨归入原函，以昭慎重”。
然而，在长期的管理过程中，由于文渊阁所设各项官职分别由内阁、翰林院、内务府和奉宸苑等衙门派员兼任，时间一长，不免出现职责不清，互相扯皮的现象。不仅平日司事收发等一般事务彼此推诿，就连每年数次的曝晒书籍，也成了应付差事。
这种状况，直接影响到书籍的管理与保存。乾隆帝认为，“文渊阁提举阁事一员，系由总管内务府大臣兼充，其司员以及看守扫除之人，皆其所辖，呼应较灵”，下令将阁中一切事务“交提举阁事一人专为管理，其领阁、直阁、校理、检阅等官，俱作为兼充虚衔，不必办理本阁事务”。
至于每年数次的曝书成例，乾隆帝也认为，“各书装贮匣页用木，并非纸背之物，本可无虞蠹蛀。且卷帙浩繁，非一时所能翻阅，而多人抽看曝晒，易至损污，入匣时复未能详整安贮，其弊更甚于蠹蛀”，下令“嗣后止须慎为珍藏，竟可毋庸曝晒。其地面一切，亦无须奉宸苑经理。庶专司有人，而藏书倍为完善”。于是，曝书工作奉命停止，他人也不再参与阁事，阁中书籍及一应事务全部交由内务府管理，文渊阁遂成为事实上的“禁御重地”。
