一、月例用香。月例使用是清宫使用沉香的重要组成部分，“每月给发各处沉香数目按月具奏，月折一次，一年仍复归奏报销”。后宫的皇太后、皇后等人均有沉香月例，除了妃嫔之外，一些重要的宫殿内也会有月例沉香。清朝在鼎盛时期宫廷使用的沉香数量更大，因不敷使用，不得不裁减一些宫殿使用沉香的数量。乾隆三十七年之前，宫廷四十七处使用沉香的宫殿庙宇共用沉香一百零五斤十两二钱九分，经裁减后剩余六十九斤四两四钱九分。
二、熏香。沉香作为一种香料，最常用的方式就是燃香。清宫使用沉香时往往会将其劈成小丁放置香炉内，以净化室内气味。从档案记载来看，除了临时制作的香丁外，宫廷在各种节日前往往会提前制作一些香丁使用，如雍正七年十二月二十一日，为重阳节“郎中海望员外郎满毗传做备用，沉香方丁八两；紫降香方丁八两；奄叭香八两；芸香八两；大宫香饼一料，计九百个，记此”。清宫除了直接辟香丁使用外，更多的是沉香为主原料大量合香使用。《陈氏香谱》中记载了一些关于沉香的合香香方，如“沉香一两，苏和香，右以香投油，封浸百日，熟之”。清宫的合香一般以沉香为主，配以麝香、乳香等做成香饼使用。清宫内的诸如养心殿、皇太后宫等处的沉香月例，一般都用于熏香。
三、入药。沉香是稀有的理气活血的药材，有降气除燥、暧肾养脾、顺气制拟等功效，自古以来就被人们用于修合各类成药，如沉香丸、沉香散等。清宫有两个制作成药的机构，分别是药房和内务府造办处。御药房负责宫廷所需药材的炮制和各种成药的加工，保障和管理宫廷用药。造办处的药作、锭子作等也会配制一些药品。清宫药房中将沉香作为配料入药，一般用于修合成药使用。药房主要制备帝后日常的丸散膏丹，造办处主项是配制锭子药及军前用药，如清宫配制的平安丸，每年的就用到了大量的沉香（包括伽南香和落水沉）。
四、祭祀使用。清宫将沉香广泛应用于各种祭祀场所，“凡每年各祭祀，需用降真、沉、速等香及炭饼各有定数，俱本寺行文户部移取圆柱沉香、沉香饼、降真香饼、速香块、圆柱速香炭饼俱本寺行文工部移取”。除了祭祀外，各类供佛场合也会使用大量的沉香，不定期的祭祀所用香基本也是以沉香为主。
五、赏赐。沉香作为稀有的香料，自古就受到贵族的推崇。清代皇帝往往会赏赐一些沉香给臣下或藩部王公等，以作为联系双方感情的纽带。作为赏赐使用的沉香更多的是以器物的形式出现，光绪八年九月，清廷“派驻藏办事大臣色楞额往奠班禅额尔德呢，赏银五千两治丧及蟒缎哈达等物，并御用蜜蜡念珠一串，沉香朝珠一盘……”。宣统五年六月初八日，“总管谦和传荣惠皇贵妃额娘赐沉香小扳指一件。”不论是数珠还是扳指，用这种小型的沉香器物作赏赐品是很合适的。
六、做成器物。在清宫造办处活计档中，有大量关于沉香做成器物的记载，这些详细的记载反映了当时皇帝对沉香的喜爱。相较于沉香木，沉香制作的器物体积相对较小，更多是一些把玩器具。从档案记载来看，主要的器物有两类：一是实用器，以数珠、暖手等小型器物为主。二是陈设器物，如炉瓶、底座等。
