道光二十六年，48岁的何绍基再次面临职场生涯中的一场小型危机，此次事件的主角是何绍基和他的上司穆彰阿。此年何绍基仍供职国史馆，任提调一职，负责经办一些具体事物，穆彰阿为总裁。这个“总裁”是清代中央编纂机构的主管官员和主持会试的大臣，是何绍基的直接领导。何绍基发现当时馆中所存朝臣的传记都只是针对一品、二品官员，无三品以下官员传记。关于这件事清高宗即乾隆帝也曾“屡次严旨申谕”，但史馆一直遵循旧例未执行乾隆的意见。何绍基就想“遍搜官书及前人文集补办国初以来三品以下名臣各传”。他把这个想法告诉了领导穆彰阿之后，没想到遭到坚决反对，何绍基最终也辞去提调之职，但依旧供职国史馆。
51岁时，何绍基母亲去世。第二年春启程回湘葬母，直到54岁才重回京师。但是人生总是时不时地会冒出一个惊喜，何绍基回京之后没过多久便得到传召，于勤政殿首次拜见了职业生涯中的“终极领导”咸丰帝，迎来了人生的重大转折。
得咸丰帝重用后的大起大落
这次机遇看似突然，事实上在道光三春，当时的咸丰便下令大臣保举人才，侍郎张芾推荐了何绍基，而由于何绍基当时回乡葬母，回京时已是两年后。复试之后，经过将近两周忐忑不安的等待，终于听到了升迁的好消息，何绍基被任命为四川学政，八月初九在乾清宫西书房得到正式授任并呈《授四川学政谢折》以谢圣恩。一个月后便携家带口动身前往四川，向着新的人生阶段迈进。
到成都之后，何绍基得到了将军品级以下各官员的迎接。作《恭报到任日期折》呈予咸丰帝，得到皇帝“知道了，地方一切情形随时访察具奏”的砂批回应。拿到此回应的何绍基心怀感恩与激动，以为自己终于遇到伯乐，以一种“饮君滴水恩，我当涌泉报”的积极心态走马上任。清朝学政相当于现在的省教育厅厅长，何绍基在任时在改善当地教育方面还是起了一定的积极作用。
四川各州府的科考何绍基都会亲自前往监督，从不懈怠。除去主持科试工作外，也严格督查各州府的学官。在巡察各地考试期间，何绍基就发现了许多教育方面的漏洞，建议整顿各地提调官及考场舞弊不正之风。工作热情高涨的何绍基除去主抓教育的工作，就连不属于学政职务范围内的民事、刑事案件也兼有处理，也明显触及了官僚的忌讳与一些人的利益。何绍基于十一月所作《敬陈地方情形折》，对此奏折咸丰帝更是未作任何回复。
咸丰五年四月五日，何绍基因屡陈时务十二事，被皇帝责以肆意妄言。十四日得降调三级之处分，被免去四川学政一职。被免职后的何心灰意冷，于八、九月间决计离开四川，士民送匾送万民伞，建祠立碑，皆呼“好大人”。
他的“横平竖直”终究害了他
回顾何绍基三年的学政生涯和最终的免官戏码，仿佛成为一场“以怨报德”的闹剧。不是所有善始，都能善终。何绍基的直言、多言最终触怒皇帝，成为“死于话多”的正派；他秉公执法、刚正不阿本的态度也没毛病，却不想触及了一些官员的利益，招致私愤，在职场中树敌太多；他身在四川学政之职，但民事、刑事也皆有涉及……种种原因的叠加导致了最后的结果。
在任四川学政的这段时期毫无疑问是何绍基职场生涯中的巅峰时刻，虽然任期不长但却意义深刻。交印后何绍基曾游峨眉山，作诗“使节三年圆一梦，奇峰万点洗双眸。谪官愈识君恩重，许到峨眉顶上游”。透露出满满的无奈。到此，何绍基的职场生涯也正式走向终结。他四处游历， 同治十二年秋，病故于苏州寓所，享年75岁。
何绍基幼时学书，父亲何凌汉便常以“横平竖直”来教导他，这一观念既成为何所秉持的重要书法理念，又是他人生态度的一种写照。官场失意，幸而书坛得意，何绍基最终以另一种方式垂名晚清史。
