熟悉历史的人知道明朝建都迁都北京之后，中央机构都迁往了北京，包括大名鼎鼎的六部。但是在原来的首都南京居然也有一套六部，而且一直延续到明朝灭亡。事实上，虽然明成祖朱棣得了天下之后，由于种种原因最终将都城由南京迁到了北京，但是南京因为历史的原因还是相当的重要。所以朱棣为了安抚南方的那些遗老遗少也是为了减轻迁都的阻力，所以也保留了南京的六部。而明朝的镇区规划称作是两京十三省，两京指的就是南京和北京，北京的行政区划被称为北直隶，而南京则是南直隶。
事实上在明太祖朱元璋时代，一直不是很满意南京作为首都，曾经多次往北方去寻找可以定都的地方。因为在历史上南京建都的朝代都是比较短命或者是偏安一隅的王朝，朱元璋作为雄才大略的皇帝，自然不希望自己所建立了王朝，最终成为一个短命的王朝，希望能够定都到一个比较合适的地方去。当时考虑过开封，但是由于宋朝的教训，开封属于无险可守的地方，所以不大适合。后来朱元璋还派太子朱标前往关中西安考察，只不过太子在回来的途中病逝，导致朱元璋非常的痛心，后来又忙于培养皇太孙朱允，以及为保江山诛杀功臣，把这事就耽搁下来了。
最后迁都这件事情就在明成祖朱棣手上完成了，而且他迁往北方之后，把南京六部也留了下来，事实上即使朱元璋迁到其他地方去，肯定也会对南京进行一定的妥协，毕竟南京也算是他的龙兴之地。多个都城并不是南京的首创，在其他朝代事实上也是如此，例如。早期的朝代要么是以长安，要么是以洛阳为都城，但是另外一个几乎肯定会被作为第二都城。唐朝的时候在这两个都城之上又加了一个太原作为北都，因为太原是李唐皇朝的龙兴之地。北宋的时候设立了四都，东京开封，西京洛阳，南京商丘，北京大名。
明成祖朱棣迁都北京之后，在南京留了一套六部的机构，但是这个机构并没有什么实权，实权都在北京的六部手中。朱棣死后，明仁宗朱高炽当了皇帝，他并不太喜欢北京，甚至动过把都城再迁回南京的念头，所以他当时还强化了南京六部的职能。他当时把南京那套六部机构进行了强化，还把太子朱瞻基派往南京坐镇。到了这个时候，南京六部的职能事实上相当的完善，几乎跟北京完全可以对抗。而且北京的都城地位一直不是那么稳定，一直到明英宗时期才算彻底定了下来。
南京六部的职能肯定是小于北京，例如北京六部基本上都是一个尚书，再配左右两个侍郎，也就是一正两副，南京方面则是一正一副。而且南京所在地区话当时被称为南直隶，这就说明他有很大的独立性。例如南京吏部就可以考核很多官员，当然范围比较小，只有南直隶一省，其他省都是有北京的吏部去考核。南京的户部是南京六部中十全最大的一个，起初的时候他们甚至掌管浙江，江西，湖广，广东，广西，福建，山西，陕西，云南9个省的钱粮运转，后来依然掌握着整个南方的钱粮调运。说实话，南京户部的实力恐怕比北京户部还要强，因为南方的经济比北方要好，没有南京户部的支持，大明朝想打仗都比较困难。
南京礼部在很多人看来是最废的一个部门了，因为礼仪这个东西虽然重要，但是因为皇帝都在北京，南京这个礼部根本用不着。不过他们还是有一定权力的，因为他们主管铸印局，那个是一个不小的肥缺。南京兵部也是一个比较有权力的部门，他也可以管理南方一部分兵马，而且兵部这个东西有时候钱也不少。这上面可以看出南京的六部似乎是北京六部的一个备份，不过因为明朝承平日久，北京的朝廷也就不怎么重视南京的这套系统了。久而久之，南京几乎成了诗意官员的大本营，一旦皇帝不喜欢某人，就有可能把他打发到南京六部去养老，另外一些政治斗争的失败者，也有可能被贬到南京去养老。