而他的内部同样矛盾重重，试图冲破士族枷锁的寒门子弟与既得利益者们的冲突日益激烈——“冯藉世资，用相陵驾”，即使他有意利用两股力量彼此制衡，也无济于事。
高门子弟依靠门第出身，欺凌压制低阶士族和寒门子弟的情况有愈演愈烈的趋势。就连刘裕这位开国之主，在发迹之前都曾经因为自己出身寒微而备受打压。
在刘裕看来，那些高门大姓臣服于自己这个早年间“以卖履为业”的武夫，只是屠刀之下的无奈选择，一旦司马氏有所异动，这些异己者将会立刻成为自己所建立的王朝最大的隐患和威胁。
正是因为刘宋政权内外这些矛盾和冲突的存在，刘裕才会在自己年近花甲时重拾屠刀，杀害前朝故主，屠戮前朝宗室。他的所作所为无疑开了一个恶例，史学家胡三省曾评价说“自是之后，禅让之君，罕得全矣”。
