六月初十，乾隆帝指出，甘肃开捐本是为收粮济赈，岂能擅自折收现银，而如此重大之事，为何甘肃各级官员无一人对朝廷提及？况且，所定五十五两银子的价格，表明该省的粮价并不算高，粮源充足，又何必赈济！
六月十三日，闽浙总督陈辉祖的奏折送抵京师，表示王亶望承认了折收现银之事，但并不承认是自己主使，且不乏狡辩之词。乾隆帝对王亶望、王廷赞的狡辩并不相信，认为“此事积弊已久，通省大小官员无不染指有罪”，于是令阿桂等人严厉追查到底，务必水落石出。
案件后续还有案件，六十余位大臣脑袋搬家
七月初，阿桂经过缜密调查，王亶望等人在甘肃省折收捐纳、冒销赈粮等违法乱纪行为被基本查明，并迅速具折上奏。乾隆帝则于七月三十日下达上谕，“王亶望上下其手，公然征收折色；勒尔谨竟如木偶，毫无见闻”，勒令王亶望立即正法，勒尔谨自尽，王廷赞绞监侯。
八月十八日，乾隆帝又对其他贪腐官员进行了处理，直到当年十月份，陆续被押赴刑场正法的，已经多达五十六人，而此后又陆续免死流放的，也有四十六人，以致甘肃省的官员几乎“为之一空”。
乾隆四十七年（1782年），王亶望被抄家，先后查获赃银300余万两，然而当其家产被运解京城后，却没想到又牵出一起案件。原来，前一年王亶望曾向乾隆进献过玉瓶、玉山子等珍贵器物，后来乾隆帝将这些东西全部退回，而这次查抄出的物品中，这些东西却全都不翼而飞。
九月初七，乾隆又派大学士阿桂和户部右侍郎福长安前往清查，同时令闽浙总督陈辉祖参与调查，在乾隆看来，陈辉祖无论如何是值得信赖的。十月下旬，阿桂等人通过调查，却查明正是陈辉祖偷换了玉器字画，且还兑换了黄金800两。不久，河东河道总督何裕成也上报，陈辉祖曾给其妻舅送银3万两和杂色金子1000余两。
乾隆四十八年（1783年）十二月初二，乾隆帝公布了对陈辉祖等人的处理决定，结果又于次日查明陈辉祖亏空仓谷银钱多达130余万，并且武备废弛，贻误地方，乾隆帝下旨“令其自尽”。至此，十年之前开始的甘肃捐监冒赈案才最终宣告结束。
经查，至乾隆四十六年初，甘肃省共有274450名报捐监生，收银15094750两，合计侵贪赈银2915600两，所谓监粮有名无实。在甘肃官僚谎报灾情、冒领赈粮一案中，查实在案中侵吞白银一千两以下者102人，一千两至一万两以下者30人，一万两至两万两以下者11人，两万两至十万两以下者20人，十万两以上者10人，甘肃全省官吏无不染指，堪称清朝第一贪腐大案。
