首先要纠正一下，宝琴并不是一直住在李纨的稻香村的。大部分时间，她是住在贾母这里的。
什么？你要证据？
第四十九回，宝琴刚来，“贾母欢喜非常，连园中也不命住，晚上跟着贾母一处安寝”，是跟着贾母住的。
第七十五回，抄检大观园之后的次日，贾母吃饭，“宝琴一一的让了方归坐。贾母便命探春来同吃。探春也都让过了，便和宝琴对面坐下。”接着贾母让尤氏也在这里吃，盛上来却是白粳米饭，贾母责备下人拿错了，下人回答：“老太太的饭完了。今日添了一位姑娘，所以短了些。”
明明是探春、宝琴和贾母一起吃饭，下人却说“添了一位姑娘”，可见宝琴习惯上就是跟着贾母吃饭的。
而从大观园设了小厨房之后，住在大观园的人就是开小灶自己吃饭了。宝琴跟着贾母吃饭，只能说明她是跟着贾母住的。
至于说宝琴跟李纨住，书中也有过描写，而且说得很清楚：老太妃逝世，贾母众人要入朝随祭，“李纨处目今李婶母女虽去，然有时亦来，住三五日不定，贾母又将宝琴送与他去照管”。
因为李纨担负有照顾小叔子小姑子的责任，宝琴是王夫人的干女儿，也算是李纨的小姑子了。所以贾母出差，顺理成章的，李纨要照顾宝琴，宝琴就会在稻香村小住一段时间。
但是，宝钗是亲堂姐，在贾府之中，她与宝琴才是“自己人”。为什么贾母短暂离家，不让宝琴到宝钗的蘅芜苑去住呢？
正因为是“自己人”，才不能由贾母安排宝琴去宝钗那时住。薛蝌进贾府，“薛蝌自向薛蟠书房中住下”，显然是长住了。如果让宝琴去蘅芜苑住，就有长期居此的意思，等于是贾母把宝琴从自己屋里撵出来了。不像李纨那里，一看就是暂居，等贾母回来还要搬回去的。以贾母的好客，怎么可以撵客人？何况是自己喜欢的小姑娘？
另一方面，宝钗也不便主动邀请宝琴来自己屋里住。为什么？因为蘅芜苑已经住了一个史湘云了。
蘅芜苑，潇湘馆，怡红院，听起来十分高大上，其实主体建筑只有三五间房子。而这三五间房子，还包括客厅和书房，能作为卧室的就更少了。丫头婆子住在附属的小房子里，请来的客人、姐妹，总不能也安插到厢房、侧室、茶房里吧？
所以任何一处院子，对主子姑娘的容纳量，是非常有限的。尤其像史湘云这样爽朗、喜欢“大说大笑”的女孩，对空间的占有量是很大的。如果在蘅芜苑再来一个宝琴，湘云当然不会明白表示反感，但私底下，难免会有一点失落感。别忘了，湘云当初是“执意不肯”“另设一处”，而是“只要和宝钗一处住”的。
而且，湘云虽然爽朗，但也很计较。当初黛玉初来，与宝玉特别要好，她就耿耿于怀了好长时间。与宝钗交好，她就想着“我但凡有这么个亲姐姐，就是没了父母，也是没妨碍的”，如果年幼的宝琴来的，势必分走宝钗的一部分注意力，湘云会不会吃醋呢？
如果换了别人，也许会想：我的堂妹，我当然要照顾，你爱吃醋不吃醋！但是以宝钗的周全，不愿意得罪任何一个人，怎么能让全心依恋她的湘云不开心呢？
其实从一开始，就是湘云主动要求跟着宝钗住，宝钗是否愿意，根本没有表态。但是宝钗当然不会表示不欢迎，毕竟湘云是贾母娘家的亲戚，对湘云的好，也是在间接向贾母表示尊敬——先不说“讨好”“献媚”这些感情色彩太明显的词语。