最终，辅公祏在逃亡途中被一农民活捉，献给了李孝恭。而李孝恭立即将之斩首，并传首于江南。由此，叛军们纷纷投降，江南悉定。
对于李孝恭，《旧唐书》评价道： “隋亡，盗贼遍天下，皆太宗自讨定，谋臣骁帅并隶麾下，无特将专勋者，惟孝恭独有方面功以自见云。”
也就是说，隋末大乱，中原诸贼大多由李世民亲自平定，很少有其他人能独当一面，而李孝恭正是这位有独当一面能力的功勋大将。
对于李孝恭的军事才能，后世多有诟病，认为他并没有直接指挥军队，平定南方的首功之臣应该是李靖。但是在笔者看来，虽然李孝恭军事才能确实比不上李靖，但也绝对不算差。同时，李靖虽然军事才能出众，但在唐军中资历太浅，难以服众。试问没有李孝恭压阵，李靖如何能压服众将，指挥千军万马？李靖和李孝恭的关系，就像是鲁登道夫离不开兴登堡，粟裕离不开陈毅。因此，说李孝恭仅仅只是下山摘桃子的庸将，是非常不公平的。而李渊和李世民对李孝恭的封赏，也证明了他的盖世奇功。
由于李孝恭曾是整个南方的军事首脑，为了显示自己的威重，镇压当地的不轨之徒。李孝恭专门在石头城内修建了一个宏大的住宅，还设立哨所往来巡察以护卫自己。谁知因为此事，有人诬告李孝恭要割据江南，另立中央。虽然后来李孝恭得到了昭雪，但他却改变了自己高调的作风，开始夹着尾巴做人。
首先，李孝恭修了座大宅子，买了一百多个歌女，每天把自己锁在家中花天酒地。上朝时，李孝恭绝口不提自己的功劳，待人宽恕谦让，没有骄矜自得之色。玄武门之变后，李孝恭更是连自己的大宅子也不想要了，他对左右侍从说： “我住的房子太宏丽了，应该卖掉再买座小院子，能住就行。我死之后，诸子有才，守此足矣。如果这些犬子不才，这宅子岂不是便宜了别人？”
正是因为李孝恭的小心，才让他保住了自己家族的富贵。贞观十四年，李孝恭因得了急病而去世，享年50岁。李世民亲自举哀，哭之甚恸，赠司空、扬州都督，陪葬献陵，谥曰元，配享高祖庙庭。而他的子孙一直在唐朝威名赫赫，其富贵几乎与大唐相始终，持续289年。
由此可见，李孝恭深谙为臣之道，以低调、谦和为家风，不仅避免了鸟尽弓藏的结局，还荣及子孙。在凌烟阁二十四功臣中，李孝恭更是高居第二。
