晚年
康熙标榜仁政，对官吏尽量以宽松待之，晚年倦勤，导致出现官场贪污，吏治败坏的现象。康熙四十九年（1710年），御史参劾户部堂官希福纳等侵贪户部内仓银六十四万余两，牵连的官吏多达一百一十二人。康熙说“朕反复思之，终夜不寐，若将伊等审问，获罪之人甚多矣” 。最后只把希福纳革职，其余官吏则勒限赔款。康熙末年社会矛盾日趋激化，有江苏无锡县人刘三因县令李牧残酷成性，聚数百人于山中反抗，后被捕 。
在康熙五十六年(1717年)，出现各地丰收，无灾可免的情况。康熙在晚年亦继续减免天下赋税，蠲免全国各地省份的钱粮，免除多处地区的欠赋。多种措施令到各地的农民都能够休养生息，也防止了地方官吏中饱私囊和横征暴敛 。
传位
康熙十三年（1674年），康熙立皇后所生的一岁的皇次子胤礽为太子，并亲自抚养。但数十年后由于太子本身的素质问题及其在朝中结党而废太子。废太子后众皇子觊觎皇位，矛盾更加尖锐，故太子废而复立，但康熙仍无法容忍其结党，三年后再废太子。康熙六十一年临终时决定传位给皇四子胤禛。
目前理由众说纷纭：有人认为康熙是希望精明干练的胤禛能大力改革康熙末年的宽纵积弊，也有人认为康熙是因为钟爱胤禛之子弘历（未来的乾隆帝）而传位于胤禛。还有传说是顾命大臣隆科多和胤禛矫篡遗诏，在十字上加一划、下加一勾，“十”字变成“于”字，故有“传位十四皇子胤禵”篡改为“传位于四皇子胤禛”之传说；但按清宫秘档分析，康熙帝的遗诏是由满、汉、蒙三种语言并列写成，“传位十四皇子胤禵”改为“传位于四皇子胤禛”之传说符合汉字书写逻辑，但却无法符合满文及蒙文书写逻辑。
然则传位夺嫡之说，或因雍正推行摊丁入亩、官绅一体当差纳粮之新政、打击贪腐权贵、重用张廷玉、李卫、田文镜等汉人，而引来失势满人权贵之蓄意诬陷。康熙皇帝岂能将九门提督授予不可信赖之人任之，又岂会不知隆科多与雍正之关系而造成众皇子传位纷争？由此而论，康熙让隆科多任九门提督，正是意欲传位于雍亲王，并加以保护的实证之一。
征兆一：“康熙六十年正月，命皇四子雍亲王胤禛、皇十二子贝子胤祹、世子弘晟以御极六十年，告祭永陵、福陵、昭陵。”康熙登基一甲子六十年之重大祭告先祖非同一般，派遣雍亲王胤禛主持，岂能不具备重大意义？为何不是派遣支持皇十四子胤禵、皇八子胤禩、皇九子胤禟、皇十子胤䄉或是皇三子胤祉
征兆二：康熙御极六十年派雍亲王胤禛祭祖此举，让废太子胤礽之师王掞看出端倪，故于三月“大学士王掞密奏请建储，至是监察御史陶彝、任坪、范长发等人曾疏请建储，帝不悦，并掞切责之。诸王、大臣奏请治大学士王掞罪，帝赦不治。”这亦可视为康熙安排接班人的部署迹象之一，毕竟皇十四子胤祯尚且领兵在西北，一旦提早公布，易生事端。
征兆三：“五月壬戌，命抚远大将军胤祯移驻甘州。以年羹尧总督四川陕西，色尔图署四川巡抚。”康熙以皇四子雍亲王胤禛之亲信年羹尧箝制皇十四子胤禵的军后补给已然成形。
征兆四：康熙六十一年四月，“命抚远大将军胤祯复往军前。十月，命雍亲王胤禛率弘昇、延信、孙渣济、隆科多、查弼纳、吴尔台察阅京师通州仓廒。”康熙指示由雍亲王胤禛亲率隆科多、查弼纳等众多京师王公重臣，竟然只为“察阅京师通州仓廒”，已有不寻常迹象。
征兆五：“十一月帝不豫，驻跸畅春园。命皇四子胤禛恭代祀天。”康熙驾崩前祀天仍然未派皇三子胤祉、皇八子胤禩、皇九子胤禟、皇十子胤䄉代祀，更未召皇十四子胤禵返京，此时康熙意欲传位于雍亲王皇四子胤禛已然十分明显。
曾在故宫博物院展出的康熙皇帝遗诏上并无“传位于四皇子胤禛”，而是写着：
为政举措
科学
一些近代史家认为清朝中后期国力开始远远落后于西方，康熙晚年的墨守成规，缺乏创新，有着不可推卸的责任。 英国籍史学家史景迁批评康熙有三：一是皇位继位的纠葛进退失据；二是康熙虽喜爱西学，任用耶稣会士，并允传教，但对西方并不信任，因而有礼仪之争以及导致雍正禁教；三是康熙以轻徭薄赋自豪，以此彰显盛世，但其永不加赋的政策按耕地面积缴固定税金，与人口无关，于是人口虽增，亦不加赋，为康熙的继承者造成财政困难。
