明朝实施的是两京制，明成祖朱棣迁都北京之后，在南京却保留有完整的中央机构。南京的机构和北京一样，设有完整的六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等，官员的级别也和北京相同。但南京终究只是留都，其官员的权势远远不如北京。另外，皇帝也会把一些失势的官员贬到南京，让其远离权力中心。所以，在对于很多官员来讲，在南京为官，意味着前程未卜。
明孝宗
明孝宗朱祐樘继位之时，因权力交接，朝廷内外风波不断，远在南京的朝廷官员，也受到波及。弘治二年（1489年）三月，南京监察御史姜绾向明孝宗弹劾了南京守备太监蒋琮侵占民田。这一弹劾，引爆了南京言官与宦官之间的一场大纷争。
明孝宗在继位之初就积极打击侵占民田的行为，曾发布诏书，勒令存在侵占民田的官员，必须在一个月内退还民田，否则将追究责任。对于姜绾弹劾之事，明孝宗责令严查。蒋琮侵占民田一事其实是成化朝的遗留问题，南京下辖的江浦县有一地本来就南京守备太监所有，后来有人为了巴结南京守备太监，将另外一块地划归南京守备太监，这块地显然也是侵占民田所得。
明孝宗
蒋琮是在成化二十三年因弹劾李孜省而被明孝宗提拔为南京守备太监，自然继承了这块地，只是此事发生在明孝宗发布归还侵占民田的诏书之后。也就是说，前任南京守备太监不依法归还民田，蒋琮上任后又假装糊涂。
可是，姜绾在弹劾时不仅仅只是弹劾侵占民田这一项，而是列数了蒋琮十大罪状，包括妄言朝政、妒害大臣、保举内臣等。蒋琮虽然权势不小，但毕竟不是什么专权宦官，哪有那么坏？其实这些罪名大多数都是道听途说或诬告。
明孝宗让人调查姜绾弹劾的事宜，然而负责调查的人却带回一封弹劾南京言官的奏折，另外一个南京镇守太监陈祖生弹劾了南京户部主事卢锦和户科给事中方向，罪名是非法侵占禁地。所谓的禁地，其实还是南京守备太监的那块地。
明孝宗
御史是言官，弹劾宦官是职权所在，但宦官正式上奏折弹劾御史，显然是逾越行为。南京的言官绝难容这种行为，南京御史纪杰、曹玉等数十人纷纷上书弹劾南京各守备太监，罪名五花八门，连两广镇守太监郭镛即被牵扯其中。郭镛驾船靠近江浦县南京守备太监的地，好奇之下，进去看了一下，竟被御史弹劾擅游禁地。郭镛一怒之下，上书揭露南京言官的各种不法行为，并指出南京言官相互包庇，对自有不法行为视而不见，却诬陷内官。
明孝宗又派太监何穆和大理寺少卿杨谧前往南京勘察此事。经过将近一年时间的调查，明孝宗终于下达处理方案：姜绾、刘逊、纪杰等数人均被贬职，南京守备太监虽有不当之处，但被赦免，其他宦官无罪。
明孝宗
从明孝宗的处理方案来看，这场南京言官与宦官之间的纷争，最终以宦官取得胜利而告终。明孝宗在这件事上，明显对宦官有所偏袒。此事的处理结果使得一些朝廷大臣不满，例如监察御史伊宏、刑科给事中陈璚等人认为处理结果难以服众，但明孝宗并不理会，而是坚持原判。
事实上，在南京言官与宦官斗争的同时，京城的朝堂之上，京城言官也正在与内阁辅臣产生纷争。京城的言官弹劾内阁首辅刘吉的种种不法之事，却反被刘吉打压，诸多言官也被贬出朝廷。蒋琮、陈祖生也曾因此事与刘吉交往密切，在朝廷之上，刘吉为蒋琮和陈祖生说话，得到了明孝宗的认可。
明孝宗倾向于宦官，而对言官大加打击，其实表明了他想整治科道的意图。刚继位之时，明孝宗为广开言路，曾下诏要求言官“给事中、御史，职当言路。凡朝廷政事得失、天下军民利病，许直言无隐”，但同时又要求“不许假以风闻，挟私妄言”。也就是说，言官面对朝廷弊病及非法之事都可以弹劾，不准隐瞒，但必须有理有据，不得徇私妄言。