除了岸上的防御阵地，刘国轩亦有强大的海上舰队，施琅在其《飞报大捷疏》中曾说：“今年四五月，知臣乘南风决计进剿，就台湾贼伙选拔精壮敢死者，及抽调草地佃丁民兵，将洋船改为战船。凡各伪文武等官所有私船，尽行修整，吊集来澎湖。大小炮船、鸟船、赶缯船、洋船、双帆船，合计二百余号。贼伙二万余众。”又云：“每贼炮船安红夷大铜炮一位，重三四千斤，在船头两边安发熕二十余门不等，鹿铳一二百门不等。”
从施琅的记载中，我们可知刘国轩的舰队共有船只200余艘，其中炮船是郑氏火力最强的战舰，每船船头安一门重三四千斤的红夷炮，两舷分布20余门发熕炮，以及一二百门的鹿铳。虽然施琅记录了炮船所载火炮的大致数量，但他并没有详细写明炮船所载火炮的重量，只说了船头是一门重3000~4000斤的红夷炮，船只两舷的20余门发熕炮完全没有说明，这就导致现在有许多观点认为这种船其两侧的发熕炮均是500斤，想当然地认为郑氏的发熕炮与明代中期兵书中所描绘的发熕炮是一样的身重与口径，这种想法显然是没有依据的，因为这时“发熕炮”这个名称已泛指数百至千余斤的火炮。隆武元年（顺治二年，1645年）泉州人郑大郁编著的《经国雄略·熕铳制》中就写道：“发熕之制，大者千余斤，小者四五百斤，用药一二斗，铅弹大于升。”按郑大郁所说，发熕炮“大者千余斤，小者四五百斤”，可知郑大郁将千余斤的火炮也包括在发熕炮内。其实，清廷征台后便将所缴获的火炮存于武库以备军用，并将这批炮称为“台湾炮”。我们可以从《皇朝兵制考略·八旗炮营居存砲位》中查得这批“台湾炮”的具体情况。
郑军的火炮如果按重量划分，可以分为两部分：第一部分在3500~6000斤之间，第二部分在200~1800斤之间。第二部分的火炮最符合发熕炮“大者千余斤，小者四五百斤的定义”，也就是炮船两侧所设的20余门发熕炮，从表中可知炮船侧舷发熕炮的磅数在2.8~13磅不等。而第一部分3500~4000斤的火炮应该就是炮船船头所设的舰首炮，也就是重三四千斤的“红夷大铜炮”，其磅数在23.4~26磅之间。
这种炮船与永历十七年（康熙二年，1663年）清廷所造封舟类似，火力强于清军的鸟船、赶缯船等船只，是郑军的主力战舰。在郑军中火力仅次于炮船的是由“洋船”改造的“战船”，这种船只由航往吕宋贸易的商船改造而成，因其多来往于吕宋、巴达维亚等地，所以其吨位也比较大，改造为战船后可以装载更多的火炮。火力再次的是鸟船、赶缯、双帆等船，这些船的火力均与清军相似，不再赘述。剩下还有一种船就是隶属延平郡王的官船和属于文武官员个人的私船。官船与私船其实是一种船型，都是可以从事远洋贸易的商船，一般为鸟船船型，这些船也就是所谓的“洋船”。这种船因为要从事远洋贸易，事关自己的财产与性命，所以其船必造坚固，船上都有武器以自卫，有的船上军器火炮甚至比战船上的还要多。以胡球的官船为例，其船上配的军器包括斩马刀20柄、腰刀19柄、幡19支、大杠（石火矢）6门、小杠（棒火矢）14门、大杠子40粒、小杠子50粒、铁甲30领、铁鍪20领、火药40桶，其中大杠应为发熕一类的火炮，小杠是一种小型火炮，可以发射箭矢和弹丸。同时期清军的赶缯船上的大杠不过3~4门，而胡球的官船（洋船）上就有大杠6门、小杠14门，火炮数量多于赶缯船。
这些船只由总督刘国轩及水师总提调右武卫林升督征北将军曾瑞、定北将军王顺、左虎卫江胜、援剿后镇陈起明、宣毅左镇邱辉、护卫左镇黄联、后劲镇刘明、折卫左镇林顺、斗宿镇施廷、中提督中镇洪邦柱、中提督右镇尤俊、中提督后镇杨文炳、中提督前镇陈旭、中提督左镇李廷桂、水师一镇萧武、水师二镇陈政、水师三镇薛衡、水师四镇黄国柱等18镇水师将领，分别驻防于妈祖宫前口子港、内堑、外堑、东峙、西峙各要口。在施琅攻台前夕，驻扎于澎湖的郑军已达2万余人，并拥有各式战船200余艘，炮城、炮台14处。
澎湖的郑军不可不谓强大，清军亦同，双方均为战争的到来做好了充分的准备，动员了大量的人员与资源，剑拔弩张，力求一战击败对手，彻底消灭对方的威胁，中国古代历史上规模最大的海战——澎湖海战即将爆发。
