1683年 明清海战图
永历三十五年（康熙二十年，1681年），郑经逝世，清内阁学士李光地力主趁机攻台：“郑经已死，子克塽幼弱，部下争权，宜急取之。且举内大臣施琅习海上形势，知兵，可重任，上用其言，卒平台湾。”闽浙总督姚启圣也以“军中帅不可无人，具疏上请圣天子，以内大臣伯施琅为靖海将军”，力荐施琅。在众大臣的力荐下，康熙决定启用施琅，任命其为福建水师提督，率领舟师进取澎湖、台湾。
郑军的战力
与声势浩大的清军水师比，郑氏的实力正日渐衰落，永历三十五年（康熙二十年，1681年）正月郑经死后不久，监国郑克臧遭冯锡范等人杀害，郑氏内部权力斗争激烈，政局动荡，郑克塽在冯锡范、刘国轩的拥立下继位。郑克塽继位时只有12岁，凡事都由冯锡范做主，冯锡范成了实际掌权者，姚启圣曾称其“废长立幼，主幼国疑，权门树党，人心失望”。郑克塽继位后，以叔郑聪为辅国公，刘国轩为武平候，冯锡范为忠诚伯兼机务，叔郑明、郑智为左右武骧将军，戎旗四镇董腾守澎湖，右武卫将军何祐率兵守鸡笼（台湾省基隆市旧称）、淡水。永历三十五年（康熙二十年，1681年）十月，清廷以施琅为水师提督，准备攻台。郑克塽命刘国轩驻澎湖，并升其为正总督，负责澎湖地区的防务。
刘国轩到任后，密切观察清廷的动静，并机动调动所率部队，派兵驻守并完善澎湖的军事防御阵地。刘国轩将大本营布置在妈祖宫附近，并在妈祖宫屿头上下添筑炮城2座，在风柜尾筑炮城1座，四角山筑炮城1座，鸡笼山筑炮城1座，在东、西峙内一列筑炮台4座，西面内外堑西屿头一列筑炮台4座，牛心湾山头顶筑炮台1座。沿海凡是小船可以登岸的地方，全部筑造短墙，并在墙上安置腰铳，环绕20余里，星罗棋布，坚如铁桶。
澎湖布防图
这些炮台均修筑在制高点或战略要地，互成犄角，相互照应，每个炮台均安放重型火炮，以求对海面形成交叉火力。如风柜尾炮台安炮3门，内堑炮台安炮3门，外堑炮台安炮3门，其他炮台安炮也在3门左右，妈祖宫西的炮城更安放了10门以上的大炮。对距离远的敌人大型目标，用炮台和炮城上的重型火炮进行射击；对近程的小型目标，用腰铳等轻武器进行射击。如果前两道防线都没有阻挡住敌人，海岸上还有短墙、壕沟等防御阵地供士兵驻守：戎旗一镇吴潜守狮屿头，平北将军果毅中镇杨德守风柜尾，游兵镇陈明同中提督前镇黄球守鸡笼山，果毅后镇吴禄同侍卫后镇颜国祥守四角山，璧宿镇杨章同右先锋镇领兵李锡分守内堑，右虎卫领兵江高同侍卫殚忠营王鲤分守外堑，后提督中镇张显守东峙，前锋镇黄显守牛心湾等。
除了岸上的防御阵地，刘国轩亦有强大的海上舰队，施琅在其《飞报大捷疏》中曾说：“今年四五月，知臣乘南风决计进剿，就台湾贼伙选拔精壮敢死者，及抽调草地佃丁民兵，将洋船改为战船。凡各伪文武等官所有私船，尽行修整，吊集来澎湖。大小炮船、鸟船、赶缯船、洋船、双帆船，合计二百余号。贼伙二万余众。”又云：“每贼炮船安红夷大铜炮一位，重三四千斤，在船头两边安发熕二十余门不等，鹿铳一二百门不等。”
从施琅的记载中，我们可知刘国轩的舰队共有船只200余艘，其中炮船是郑氏火力最强的战舰，每船船头安一门重三四千斤的红夷炮，两舷分布20余门发熕炮，以及一二百门的鹿铳。虽然施琅记录了炮船所载火炮的大致数量，但他并没有详细写明炮船所载火炮的重量，只说了船头是一门重3000~4000斤的红夷炮，船只两舷的20余门发熕炮完全没有说明，这就导致现在有许多观点认为这种船其两侧的发熕炮均是500斤，想当然地认为郑氏的发熕炮与明代中期兵书中所描绘的发熕炮是一样的身重与口径，这种想法显然是没有依据的，因为这时“发熕炮”这个名称已泛指数百至千余斤的火炮。隆武元年（顺治二年，1645年）泉州人郑大郁编著的《经国雄略·熕铳制》中就写道：“发熕之制，大者千余斤，小者四五百斤，用药一二斗，铅弹大于升。”按郑大郁所说，发熕炮“大者千余斤，小者四五百斤”，可知郑大郁将千余斤的火炮也包括在发熕炮内。其实，清廷征台后便将所缴获的火炮存于武库以备军用，并将这批炮称为“台湾炮”。我们可以从《皇朝兵制考略·八旗炮营居存砲位》中查得这批“台湾炮”的具体情况。