清朝入主中原之后，当时的朝鲜曾经是前朝明代的藩属国，他们只认同汉人的统治，而皇太极建立的王朝却是满族人的政权，他们并不愿意承认皇太极的皇帝身份。
当时朝鲜对满清政权的态度非常恶劣，皇太极对此极其愤怒，为了维护自己的尊严、宣扬国威，皇太极领兵出征，想要让朝鲜民众臣服于他。而满人从小就在马背上长大，他们天生骁勇善战，所以满清军队的战斗力非常强大。
当时讨伐朝鲜的清兵人数达到了12万人，他们在此之前经历了很多战争，基于在之前战争中的经验，清兵采用了“扬长避短”的战略战术，他们避开了朝鲜防守严密的金城汤池，反而凭借着自身在野战中的优势直接攻打朝鲜都城，也就是现在的韩国首都首尔。
面对兵力强大的清军，朝鲜根本没有反抗之力，当时的朝鲜统治者——仁宗，最后只能落荒而逃。朝鲜国土面积窄小，逃跑的仁宗也只能南下躲在了南汉城。不过仁宗没有想到清兵在之后更是一路高歌猛进，不假时日便又将南汉城给包围了。
无路可逃的仁宗为了保留最后的生机，只能向清兵投降。1637年仁宗走出南汉城，并且向皇太极行“三跪九叩”之礼，表达其愿意臣服于大清王朝的决心。朝鲜因此再一次成为清朝的藩属国，隶属清朝管辖。
成功讨伐朝鲜之后，马夫大（清朝将领）为了向皇太极邀功，便提出了建立“大清皇帝功德碑”的建议。皇太极本不是一个注重虚名的人，他一开始并没有接受，但是当时朝鲜的某些官员想要借此机会向皇太极表达他们的忠心，所以便极力附和马夫大的提议。
为了能够让皇太极答应建碑，有些人还劝说皇太极：建立石碑并没有什么坏处，反而可以宣扬大清王朝的国威。皇太极便答应了建碑的提议。朝鲜政府在清兵撤退之后，便紧锣密鼓地开始了建碑工程。
经过多番讨论之后，朝鲜政府最终确定了石碑的规格：高度为5.7米，宽1.4米。为了表达朝鲜对大清王朝的祝福，石碑的底部是一只石雕的乌龟，寓意大清国千秋万代。碑文的文字最终使用满文、蒙古文以及汉语文言文，内容则由朝鲜大臣拟定，之后以奏折的形式呈送给大清，审核之后才可以进行刻字。
对于大清来说，“大清皇帝功德碑”的建立是一种荣耀，但是对于朝鲜来说，此碑的建立是对他们明目张胆的侮辱。可是迫于清朝强大的兵力，他们不得不对清朝俯首称臣，但是朝鲜的大臣以及民众都极其不愿意。
在这种思想的影响下，朝鲜政府很难找到愿意撰写石碑内容的人，有些接受了撰写任务的朝鲜人为了能够间接表达自己的不满之意，他在撰写时专门使用一些晦涩难懂，甚至充满歧义的文字，这让朝鲜政府很是苦恼。
当石碑内容艰难完成之后，朝鲜政府又遇到了新的难题，没有书法家和篆刻家愿意报名参加石碑的建设任务，尽管朝鲜政府高价征集志愿。最后朝鲜政府不得不向一些人施压，动用政权强制他们参与石碑的建设。
石碑的出现引起了朝鲜民众极大的抵触，他们甚至产生了对当朝统治者的不满情绪。朝鲜统治者为了维护自己的威望，反而将锅甩给了当初被迫参与建设石碑的工作人员身上，还称：凡是当初接受了赏赐（建碑时接受的赏赐）的人都应该将那些赏赐看作耻辱！
虽然朝鲜民众、官员心中颇有微词，但是他们却不敢毁坏石碑，因为每当清朝官员巡查朝鲜时都会专门参观石碑。为了防止清朝动怒，朝鲜只能尽心保护石碑。
直到甲午战争以后，清朝在朝鲜的势力被驱赶，朝鲜的开化党人才推到了这块象征百年之耻的石碑。1931年石碑重现天日，不过它在1956年时被认为是耻辱之碑重新被埋。直到1963年，朝鲜发生了一次洪水，阴差阳错之下石碑再次出现，而这次之后朝鲜却将石碑保留了下来，并作为历史文物对其进行保护。