第三、对清军入关抢夺胜利果实和满、汉贵族相通的危险认识不清。
进京后，李自成、牛金星等忙于筹备登基大典，和平麻痹，丧失警惕。将数十万大军屯驻在京城内外，不检阅、不训练，也不指挥其出征作战，扩大胜利；而盘踞在东北地区的清军则虎视眈眈，时时觊觎关内；明驻防山海关的大将吴三桂也手握重兵，静观形势的变化，准备伺机而动；明朝在江南的残余势力也还拥有一定的力量，他们时时都在梦想复辟。面对这一切，起义军领导集团都缺乏正确的认识，不能采取正确的方针，因而贻误了战机。
1644年5月18日，李,自成亲率二十万大军开赴山海关，攻打准备投降清军的吴三桂。但在关外一片石地方遭到清军和吴三桂军的夹击。义军战败后撤。吴三桂乘机驻往清营，剃发称臣，并“歃血斩衣，折箭为誓”，开关迎入清军。27日，清将多尔衮分兵三路，进入山海关。31日，李自成退回北京。6月3日，匆匆忙忙在武英殿登基称帝，改元永昌。4日，就在清军的强大压力下从北京撤退。接着，清军攻占北京。
北京失陷后，吴三桂自告奋勇，充当进攻义军的急先锋，挥师南下，先败李自成于定州，再败李自成于真定，李自成率部退往山西。1645年春，清军破潼关，李自成败弃西安，南奔武昌、襄阳，清军和吴三桂军紧追不舍。五月下旬，在湖北通县九宫山遭当地武装突袭，李自成不幸英勇牺牲，时年三十九岁。
