斯坦因3次中亚考察所获的文献部分，也经过了複杂的编目，尤其是其中的汉文写本部分，这工作最初由伯希和负责，由于“一战”爆发而停止。英国博物馆的翟礼思接下来进行了藏经洞汉文文献的初步系统编目，废掉斯坦因原先的Ch号，而以S号取代，S编号的写本最初只有8000多号，1953年到1954年英国博物馆制作缩微胶卷的时候，编号只到S.6890。近年来，已经归属到英国图书馆的写本，经由修複部整理，陆续从敦煌绢画、写本、经帙等已经编号的文物或者文献上，揭出许多残片，S编号已经增加到1万多号。荣新江比较后认爲，S.6890以前的写本较爲完整，有不少长达10米以上，而此后的写本较残，大多数爲一两尺长，许多只有巴掌大小，最后百余件实际只有一个或半个字。所以他认爲，有些学者总想统计出敦煌写本究竟有多少，或者想比较哪一处藏家藏品最多，这其实都是无法做到的，从斯坦因编号的文书来看，有的1件长卷，比100件碎片的分量还要大，它们是无法用编号多少来比较的。
英藏敦煌文献的系统编目
S.1～6890编号的缩微胶卷公布之前，能够大量使用这部分材料的学者很少。致力于敦煌学中国的研究者们也试图重新做英藏敦煌文献的整理工作，1987年8月，中国学者与英方合作拍摄、整理、研究、出版《英藏敦煌文献》的国际合作项目开始啓动。曆时8年，1995年5月，大型图集《英藏敦煌文献》的14卷图版才由四川人民出版社出齐。这套定价万余元的图书，被认爲是迄今爲止，反映英藏敦煌文献最清晰、最完整、最准确的图版本。
时任敦煌吐鲁番学会副会长的甯可教授，在文献编撰过程中承担的任务，是查阅英藏所有敦煌卷子，筛选出其中的非佛经汉文文献以供拍摄。他也被称爲“阅尽英藏敦煌文献的第一人”。《英藏敦煌文献》中，佛经写本占到了绝大多数，甯可估计是95%，但剩下的5%非佛经的整理同样是庞大的工作，这个庞大的筛选工作基本集中在半年完成，其间甯可每天的任务就是在英国图书馆的恒温恒湿书库里戴著手套、小心翼翼展开那些古老的写本卷子，大致阅读，并做出相应的记录和判断，然后将卷子重新卷上，并用白纸再包裹一次，放回原处。这是英国方面提出的一项保护写本的附加工作。甯可说，一开始还试图将每个卷子通读上一遍，记下主要内容，后来发现工作量太大了，时间又紧，根本不可能完成，只能将阅读变成粗线条，对有疑问的卷子留下简要记录，所有记录只能用铅笔写，防止任何意外的溅墨损害到写本。即使这样，每天最多也只能翻阅100个卷子左右。大量的阅读翻检中难免存在遗漏，成书后的筛选和校对工作后来又耗费了许多时间。
敦煌文献中的世俗文书，被认爲是最有史料研究价值的部分。翟礼思的目录中曾经分爲22类，甯可亲见的这些卷子也印证了敦煌在吐蕃占领之后，切断了和中原的联系纸张供应紧张的史实。许多卷子上正面反面甚至页面空白处记载了不同内容的文字，能够印证史实的，包括废弃的大量唐朝官文书被用于抄经，甚至裱糊经帙或者残破的经卷和绢画。于是许多佛经等书籍的背面、裱纸和各种备用纸上，留存下数量丰富的公私文书。有一些甚至是传世文书中所佚失的典籍断片。
1988年，第一次展开古老的敦煌藏经洞写本，甯可完全被震撼住了，此前他在香港地区也看到过被称爲敦煌写本的佛经卷子，但总疑心是假的。现在，亲手触摸到这些历史的遗迹，是难以描述的幸福，“有的写本纸张非常好，展开时哗啦啦作响”，“还有一种卷子压了金箔，也很精美”，他记忆很深刻的一卷北朝经卷，“有12张纸，各种颜色，蓝、粉红、黄、藕色……纸张很硬很结实，厚度像现在的打印纸”，不过这种卷子不多，他只看到了两三个。还有一些卷子“的确很烂”，或者在展开的过程中就出现残破，或者展开后发现，里面夹杂著小草根、沙粒等杂物，“只是原因不明，不知是存放于藏经洞时的原始状态，还是后来斯坦因辗转运送这些文物途中造成的”。
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