斯坦因在敦煌藏经洞获取的文物，辗转被运回英国，按照资助他中亚之行的印度政府、英国博物馆、印度事务部之间签署的分配方案进行分配——文献部分、汉文、粟特文、突厥文、回鹘文材料，归英国博物馆保存;于阗文、龟兹文、藏文材料，归印度事务部图书馆保存;梵文写本、卢文书写的归英国博物馆，用婆罗谜文书写的归印度事务部图书馆。其他发现品如绢画、刺绣、木版画、陶器、木雕、钱币等，在印度德里中亚古物博物馆和英国博物馆之间平分。
斯坦因收藏品的考古文物材料，入藏英国博物馆的东方古物部，文献材料则入藏东方印本与写本部，1973年，英国图书馆从博物馆中独立出来，东方印本与写本部并入英国图书馆。流散到英国的敦煌藏经洞文物经曆了这样的分配变迁后，收藏状况变得複杂，原本是一个整体的经卷文书包裹，被当成丝织品和文书分成了两个部分，在历经了几次重新编号整理之后，入藏英国博物馆的美术品和入藏印度图书馆的非汉文文献仍保留了以Ch(千佛洞)为首的编号，而入藏英国博物馆的汉文卷子包裹上的原始编号，却在编目时被废弃，代之以S.(斯坦因)的编号。
离开敦煌：复杂的文物流转
斯坦因在师爷蒋孝琬帮助下，获得的箱子，随同他的行程，被送到新疆哈密。在哈密，这些文物又被重新打包一次。斯坦因将接下来的行程分成两个部分，重新打包的文物，交由蒋孝琬负责运送到和田，自己则深入塔克拉玛干继续考察。马继业已经听说了他要回国的打算，爲他办妥一切手续。在诸多官员的关照下，斯坦因的离境完全是特殊待遇，他的护照并没有按规定被中国政府收回，而是伴随他一起返回了英国。
继续探险的斯坦因在第二年的3月到达策勒村，派遣他从英属印度第一地雷坑道兵团借来的军官奈克·拉姆·辛格和维族仆人伊卜拉辛·伯克一同东去米兰遗址，将他1907年初埋入沙中的米兰五号庙室遗址壁画仔细摄影，然后全部剥离带回，而他自己西去和田附近考察。但拉姆·辛格在去往米兰的途中，在卡克里克突然患上了青光眼，一只眼睛失明。到达米兰后，另一只眼睛也失明了，只好在米兰遗址附近的一条小溪旁躺了几天，在伊卜拉辛的搀扶下，返回卡克里克住了一周，之后啓程去往和田，与斯坦因会合。
1908年3月26日，独自西行的斯坦因先到达和田，照旧住在巴德鲁丁·汗的家里，这个阿富汗人在和田一带的身份，相当于英国人在当地的侨领，途经此处的外国探险者们，几乎都住在他家里。但拉姆·辛格的失明归来实在是个意外。斯坦因派人用大车将拉姆送往叶尔羌，请当地的传教士医生拉奎特治疗，青光眼在那时属于不治之症，拉姆于是被送回印度，1909年病死在印度老家。
6月9日，由蒋师爷负责运送的文物，用铁皮箱子装著，陆续从喀什到达和田，同来的还有许多用于包装的马口铁皮和锡片，这些是马继业在新疆跑遍了许多市场，好不容易才买到的。斯坦因在这里花了整整6个星期，重新打包整理收集品。蒋孝琬帮助整理敦煌文书编目。但令人疑惑的是，斯坦因放弃了让蒋孝琬编织汉文写本目录的计划，在斯坦因后来出版的《西域考古图记》中，有长达150页的“千佛洞所获绘画、木刻品、丝织品及其他古物登记目录”和粟特文、回鹘文、于阗文、梵文、龟兹文的登记目录，唯独缺少了汉文写本目录。
8月1日，运送文物的50峰骆驼从和田启程，前往印度。斯坦因再次和他的收集品分开，两天后，他在山普拉和故友们告别，斯坦因沿玉陇喀什南下西藏高原北部的昆仑山脉，继续他的地图测量工作。9月23日，斯坦因的双脚被冻伤，只能放弃考察返回，越过中印边境上的喀喇昆仑山口，回到英属印度一侧。10月14日，斯坦因在拉达克首府列城的教会医院里接受手术，将右脚指头全部截去，半个月后出院，11月13日抵达克什米尔首府斯利那加。
