康熙二十六年（1687）十二月，孝庄太后病危，康熙皇帝昼夜不离左右，亲奉汤剂，并亲身带领王公大臣步行到天坛，祈告苍天甘愿折损自己寿数，来增延祖母寿数，每次祈求都痛不欲生。该月二十五日，孝庄走完了她的人生旅程，以七十五岁的高寿安定离开了人世。康熙皇帝给祖母上了爱崇的谥号-孝庄仁宣诚宪恭懿翊天启圣文皇后，简称孝庄文皇后。依据她的遗愿，灵枢没有运往盛京与皇太极合葬，而是暂时安放清东陵。
据史书记载，孝庄太后之所以没与皇太极合葬，是因为她病危时留下遗言，她对康熙皇帝说：“太宗文皇帝梓宫安奉已久，不可为我轻动，况我心恋汝皇父及汝，不忍远去，务于孝陵近地择吉安厝，则我心无憾矣！”
在中国传统的丧葬礼节中着重的是“入土为安”，可是孝庄身后，梓官（即棺材）仅在宫中停放十七天，尊溢旋上旋停，在整个康熙朝一向没有启用；梓宫暂安（下葬前安放某处叫“暂安”）奉殿长达三十八年之久，有的研究者以为，孝庄太后遗言中“不忍”如此，不过是一种遁词，其实是因为下嫁和硕睿亲王多尔衮，无颜于黄泉下见老公皇太极，遗言自身可能是一种清宫殿精心设计的伪词，为下一步丧葬处置作衬托。
康熙却三十多年不葬祖母，尽管雍正解释为康熙与祖母爱情笃深，不忍下葬，但这始终是说不过去的，其间必有无可奈何的隐私。在孝庄崩逝之后，康熙违反常规固执要在宫中为祖母守三年之丧，后因朝臣对立，康熙也戴孝将近两年。康熙的言行留给世人的感觉是，在纯孝之外，好像还对祖母怀有一份十分浓重的愧疚之心，期望有所补偿。而这份愧疚来源于何，必定是康熙的一份不可告人的隐痛。这隐痛便是孝庄为了保存皇太极的遗孤，保住皇太极终身斗争而来的工作，不得不做出有悖伦常的工作。
在这一点上，孝庄不只没有孤负太宗，并且应当为太宗体谅，乃至是感谢。可是，碍于尘俗礼法，孝庄居然不能与太宗合葬，遭受了极大的冤枉，背负着不白之冤，这是康熙心中永久的隐痛，至死不休。
依照满族祖制，孝庄太后身后应该和祖父皇太极合葬，但由于孝庄和多尔衮之事真实有损皇家威仪，不合皇家礼法，并且孝庄就给康熙帝出了一个不小的难题，假如遵从祖母的遗言，将有违于帝后身后合葬的祖制。假如不遵从祖母的遗言，自己又会留下不孝的名声。因而，在康熙皇帝生前不做决议，留下后世后代处理。虽然日后康熙当政时日理万机，却不曾忘记了自己的这个祖母。据史料记载，在康熙为祖母停灵的35年间，康熙帝从前先后30次去祭拜自己的这位祖母。
工作就这样拖到了雍正帝即位，雍正元年九月初一，雍正帝安葬完父亲康熙之后，就有大臣上书恳求为孝庄太后制作陵园，也好让孝庄太后提前入土为安。所以这个困扰了康熙帝35年的问题，再次被提上了议事日程，摆在了雍正帝面前。
雍正帝以为这个问题的确应该处理了，并且要赶快从快。雍正帝以为：自己的曾祖母孝庄太后的棺椁，自从停放在孝陵邻近之后，保得自己父皇国运兴盛、多子多孙，其地是块风水宝地。别的曾祖母生前留下遗言要陪同自己的后代，自己也欠好违反她的志愿。咱们当后代的要依照曾祖母的意思做。
（孝庄太后昭西陵）
雍正二年十一月，雍正帝正式命名孝庄太后的坟墓姓名为—昭西陵(坟墓因坐落顺治帝昭陵的西边而得名)。雍正三年二月初三，昭西陵正式破土动工建筑，只用了不到一年就竣工了。雍正三年十一月十三日，雍正帝亲往祭拜坟墓。十二月十日，孝庄太后的棺椁移入地宫，停灵37年之后，总算入土为安。雍正皇帝抓住时机把父亲留下来的历史问题就这样处理了！