军统和中统都是同属国民政府的特务组织或者说情报机构，许多人都分不清二者到底有何不同。
但事实上，这两个机构区别很大。中统是属于党内，而军统是军队的，一个对内，一个对外，都是直接对老蒋负责，不存在上下级关系。这有点像美国的FBI和CIA。
虽然说二者有分工，但在工作业务中难免会有交集，一般这种就比较麻烦，玩儿的好就是合作，玩儿不好那就是冲突了。没办法，虽然都是为政府效力，但各自都有自己的小算盘和利益，明争暗斗那是绝对少不了。
而且作为情报机构，二者的不合，，正好可以让双方实现更好的监督，从而防止一家独大，垄断情报，最终造成隐患，这绝对是高层想看到的局面。最为简单的例子，明朝的厂卫制度，为何有了锦衣卫还要搞东厂，为了有了东厂还要弄西厂？不就是一个制衡吗？
具体我们从以下三点来讲：
第一、业务纠纷
抗战爆发后，老蒋以抗战为由，将国民党中央组织委员会党务调查科改组成“中国国民党中央执行委员会调查统计局”，这就是所谓的“中统”。
几个月后，老蒋又将复兴社特务处、军事委员会密查组和军事委员会调查统计局第二处整合成为“国民政府军事委员会调查统计局”。这就是所谓的“军统”。
老蒋建立中统和军统的初衷，是希望把特务机关的业务切割，让中统负责监控国民党机关内部，打击一切国民党之外的党派，控制社会舆论和思想；让军统收集情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。这样的话，各搞各的业务，会比较专业一些。
但中统是一个比较特殊的行政机构，它的诞生要早于军统，这个部门在设立之初就被确定了“位高权重”的地位，这个部门的重心主要在党内事务上，中统工作人员有权利对党内各高官进行监察行为，除此之外他们还担任了国民党思想统一工作的开展，有打击和抓捕党内外有反对思想的人或组织，控制舆论方向等任务。
中统自从1938年成立以来，很快就建设了庞大的系统，其权利也来到了顶峰。而军统则是由复兴社特务处、军事委员会密查局以及统计局共同组建完成，成立的目的是搜集外界情报、监察军队机构、对敌对势力进行抓捕和暗杀。
通过对两种机构主要工作范围的分析，中统的任务主要是针对内部人员（包括军统），而军统的任务则是针对军队和外部人员，但双方的共同点是都带有谍报机构的性质。
所以二者在执行任务的时候，不可避免的会出现“跨界”的现象，某个目标在调查的过程中慢慢变了性质，从中统的范围中跳到了军统范围中（或者相反），那么自己就必须把费劲收集到的情报全部交给对方。
这种情况让双方很是不爽，自己机构中的人员冒着危险取得的情报，转而成为了人家的邀功之物，时间长了以后两个机构就开始玩起了“阴招”，对彼此的好感也慢慢消失，双方为了利益完全站到了对立面。比如戴笠就曾经扣下了本该属于中统负责的案子，让自己人处理。中统知道后，也是直接报复，有关于军方的线索，也不给军统。
第二、互相监督
在前面说到，中统在职权方面对军统有着天然的监督权力，这种情况对于搞谍报的机构来说是非常别扭的，毕竟对于谍报组织来说，身份泄露就意味着失去了价值以及增加了殉职的风险，军统人员的资料被中统了如指掌，这让他们对中统没有一点好感。
而且在国民政府选择西迁以后，由于党内局势变的比较紧张，军统的职权也进一步扩大，他们也分担了一些行政机构、交通、银行方面的监控任务，而这时候的军统也就很“自然”的掌握了中统人员的很多底细，这也让中统人员有了同样的不满情绪。双方机构就是在这种局面之下不断加深矛盾，以至于最后基本不能相容。