府官为之感动，向皇帝奏了此事。真宗皇帝也为之感动、嘉叹，当而准奏。真宗皇帝命其时的端明殿学士盛度（商丘人）为文作记、“前参知政事陈公侍郎尧佐题其榜”：“应天府书院”。
“应天”二字来历非凡。宋太祖赵匡胤在后周时曾做“归德军节度使”，在阏伯庙里占卜，得神喻知他要做皇帝，赵匡胤树立宋朝后，被以为是“适应天命”，赵匡胤尊号为“应天广运仁圣文武至德皇帝”，因而宋真宗时将宋州升为“应天府”。
由是，宋真宗准奏的当年二月二十四日，真宗下诏，赐额“应天府书院”。
之后的盛况，范仲淹《南京书院落款记》说：“由是风乎四方，士也如狂，望兮梁园，归欲鲁堂（儒家讲学的场所）。章甫（殷商后嗣戴的帽子）如星，缝掖（大袖单衣，古儒者所服。亦指儒者）如云”，书院“讲议乎经，泳思乎文。经以明道，若太阳之御六合焉；文以通理，若四时之妙万物焉”。因而“诚以日至，义以日精”。应天书院“聚学为海，则九河我吞，百谷我尊；淬词为锋，则浮云我决，良玉我切”。应天书院的“文学之器，天成纷歧。或醇醇而古，或郁郁于时。或峻于层云，或深于重渊。至于通《易》之神明，得《诗》之风化，洞《春秋》褒贬之法，达礼乐制造之情，善言二帝三王之书，博涉九流百家之说者，盖互有人焉。若夫廊庙其器，有忧全国之心，进可为卿大夫者；天人其学，能乐古人之道，退可为乡先生者，亦不无矣。”
应天府升为南京后，“应天府书院”又称“南京书院”，宋仁宗庆历三年（1043年），又改为“南京国子监”。“国子监”是其时国家的最高学府。应天书院是中国古代书院中仅有一个升为国子监的书院。
宋仁宗天圣五年（1027年），晏殊知应天府，一到应天府就任，就很注重当地文明和教育。所以，由政府出资整修，添加设备，扩展规划，使书院内不光有崇圣殿、大成殿、前讲堂、书院大门、御书楼、状元桥、教官宅、明伦堂、廊房等，并且学子们的学舍也大为扩建。应天书院在物质配备上到达鼎盛时期。
晏殊以为名师出高徒，所以为应天书院精心选择名师。范仲淹曾是睢阳学舍的学生，曾在商丘娶了妻子，安了家。宋仁宗天圣四年（1026）八月，范仲淹的母亲谢氏病逝，按其时的规则，范仲淹辞官回家守丧，居南京应天府。晏殊知范仲淹学识渊博，次年亲身约请他掌握应天书院教席。范仲淹承继和发扬前人的精力，想方设法为国家培育有用人才。他掌管教务期间，勤勉督学、以身示教、引导学生议论时事政治。如让学生作文，他先作一篇范文读给学生；每逢议论全国大事，就舍生忘死、慷慨陈词。其时士大夫纠正世风、严以律己、崇尚道德和节操，即由范仲淹倡议开端。书院学风因而为之一新，范仲淹名誉日隆。晏殊在皇帝面前欣赏范仲淹。
晏殊了解到应天府城人王洙遍览方技、法术、阴阳、五行、音韵、训诂、书法，几无所不晓，为贺州富川县主簿，让范仲淹代写《奏乞王洙充南京讲书状》。皇帝准乞。才学过人的王洙回到家园应天府后，遭到晏殊的热心招待。应天府书院在王洙的掌管下，名声更著。
天圣六年（1028年）九月，王洙在应天书院任平话已满三年，要被调任。晏殊竭力向皇帝奏请，让他持续留在应天书院教授诸生。被皇帝同意。直到宋仁宗明道二年（1033年）被荐为国子监平话，王洙才脱离应天书院。
应天书院越来越遭到朝廷注重。天圣六年（1028年）十二月，皇帝下旨“革除应天府书院地基税钱” （《宋令要辑稿·第五十四册》）。仁宗景祐二年（1035年），以书院为学府，给田十顷。据《宋史》记载:“自五代以来，全国校园废，兴学自殊（晏殊）始。”范仲淹《南京书院落款记》载：“全国庠序，视此而兴。”元朝《义学记》中道：“宋初时全国有四大书院，应天书院为首。”
