南京的参赞机务由南京兵部尚书兼任，北京六部中，以吏部尚书为首，而南京六部之中以兵部的实力最强，所以南京兵部尚书位置非同一般，把握着南直隶的一切戎行练习，关键时间能够调集南直隶的大军驰援北方。
只不过，南京六部终究是留都的组织，在大多数时分，都受到北京六部的干与控制，南京户部收的税粮都要北交，南京吏部官吏选拔升官要请示北六部，诸如此类。
尽管南京六部的设置与北京的六部简直如出一辙，可是绝大多数的事宜都跟着明朝迁都，六部的责任大多都移动到了北京六部，南京六部名义上虽说是六部，但把握的规模根本只是限于南直隶区域，而南直隶区域并没有布政使等诸司，首要的业务都由南京六部来办理。
一般，年青的北京六部官吏被派到南京六部，就等于出路尽毁了，可是年迈的北六部人员若是抵达南京担任职缺，那是十分好的，由于在南京六部担任职务，不只没什么工作做，并且俸禄也不会少，是个养老的好当地。
