明朝实施两京制，并且有两套简直如出一辙的朝廷组织，一套在北一套在南，尽管明朝南京的六部没有北京的六部那么繁忙，但却也并不是铺排，都有自己的责任。
南京是江南区域最重要的城市之一，历史上定都在此的政权颇多，朱元璋参与反元起义时，其帐下谋士冯国用就曾主张将来定都金陵。
金陵，也便是南京，乃是龙盘虎踞之地，千古帝王之都，并且两宋开端，江浙区域的经济冠绝全国，占有金陵就等于坐拥江浙的财富，这关于一个王朝的诞生、兴起与昌盛是十分重要的。
不过，由于历史上定都在南京的朝代往往都存在得比较匆促，并且关于明朝广袤的边境来说，南京的地理位置有点偏南，不足以辐射安稳全国，所以朱元璋也并非没考虑过迁都，朱元璋想来想去，选定了北平、西安与洛阳三个当地做备选，但终究由于朱元璋还没来得及想好就忽然驾崩，迁都的工作也就没有进行。
靖难之变后，朱棣终究决定将国都迁离南京，迁至北平，而他这么做也很简单：
一，朱棣夺位，抽走了北方许多的明朝精锐，使得大宁、东胜等诸卫内迁，防卫空无，明朝北方的边界大幅撤退，而朱棣以本身为鉴，不放心藩王与将军镇守，所以爽性迁都北平，由自己亲身镇守北方，构成所谓的皇帝守国门；
二，北平毕竟是朱棣的“龙兴之地”，而南京的前朝实力十分强壮，朱棣在南京总是觉得比较不自在，将国都迁到北平，关于朱棣稳固本身的皇位是有优点的，而朱棣也想借此给自己继位一个合理的理由，所谓“自昔帝王，或起布衣，平定全国，或外藩入承大统，而于肇迹之地，皆有升崇”。
朱棣尽管将国都迁到了北平，并且将其改名北京，但依旧保存了南京的位置，只是将南京改为留都，而迁都的进程并非一蹴即至，期间还有许多工作需求处理，因而南京的六部等组织并没有裁撤，迁都完结今后，南京的诸司衙门实践权限大幅减少，但依旧被保存。
永乐后期开端，一切南京诸司衙门的行文署名前面，都加上“南京”两个字，构成了独具明朝特征的南京六部。
依照规制，南京六部各部设尚书一人，左右侍郎各一人，不过南京的吏部没有员外郎，有时分南京的六部也不设左侍郎只要右侍郎，但除此以外，南京六部的组织架起，与北京的六部根本无二，相差无几。
而南京六部的首要功能，与北京六部也有很大差异：
南京兵部：
把握南京周围，南直隶诸州府49个卫所，这些卫所悉数归于南京兵部的统辖指挥，会同南京守备勋臣还有镇守宦官，一同担任南京的安全。
南京吏部：
担任南直隶区域的一切巨细官吏的京察考功，北京的吏部不得干与。
南京刑部：
把握南直隶诸司、公侯伯府与京卫所的刑名。
南京工部：
根本责任与北京的工部根本相同，只不过南京工部只担任南京与南直隶还有周边诸省，并且南京工部也担任南边各省的部分纳税，南京户部刷印盐引勘合的铜版，也是南京工部铸造。
南京礼部：
迁都之后，仪式之类的业务全都由北京礼部掌管，所以南京礼部是最清闲的部分。
南京户部：
担任南直隶还有浙江、江西与湖广这四个当地的税粮征收，而这四个当地的税赋与粮食，占了明朝的多半。别的，南京户部还担任漕运与全国的盐引勘合业务，还有全国黄册保藏与办理，因而南京的户部还算适当权重的。
作为大明朝的留都，南京六部的重要性仍是十分高的，比方满洲入关后，南京六部在紧迫时间敏捷接收了其时的明朝半壁河山，只可惜其时南明诸王堕入内争，敏捷走向崩解，明朝在南京保存的一整套完好的国家机器，并没能抢救明朝的命运。