调整大都督府的官制，大都督府不再设大都督一职，左右都督正一品，同知都督从一品，副都督正二品，佥都督从二品，参议正四品，阅历断事官从五品，都事正七品，照磨从七品。
自此，大都督府左右都督与中书省左右丞相的等级相同，均为正一品。
调整表里各卫指挥使司的官制，佥事、宿卫、镇抚从四品，各卫镇抚从五品，千户所镇抚从六品，各卫知事正八品，宿卫、知事从八品，断事官、提控案牍的等级由各行省规则，其他官职的等级不变。
综上所述，自称吴王后，朱元璋调整军事组织，规则各级军事组织官制，树立严正的等级准则和从属联系，开始树立卫所准则。卫所准则是明朝最主要的军事准则，朱元璋这次对军事准则的全面变革影响深远。
