一审和二审中法院的主要分歧在于：是否采纳杨某毅的自首情节。这也成为二审改判的关键。
杨林燕失踪后，警方曾对其进行为期两天三夜的搜寻，搜寻的第三日，杨某毅在父亲的规劝下向警方投案自首，并如实交代了作案过程。根据其供诉，警方当天找到了受害者遗体。
杨某毅的辩护律师认为，据此可对杨某毅从轻处罚。
在陈礼言的申诉律师侯士朝看来，杨某毅的自动投案，是迫于大面积搜山、公安询问、被害人亲属质问等压力下，不得已做出的行为。
陈礼言和弟弟陈天传回忆，“当时全村人都去搜山帮忙找人，但杨某毅和他父母没有参与。”杨林燕失踪的第二天早上，看到杨某毅和他父亲在自家房屋旁的山头挖山药，陈礼言跟他们打听女儿的行踪，杨某毅的父亲表示没有见过，但陈天传注意到，杨某毅沉默不语，“冒了一头的汗”。
寻找杨林燕的过程中，村里已经有村民怀疑女孩的失踪与杨某毅有关，杨林燕的舅舅陈天传找到警方，要求“把他抓去问话”。
案卷材料也显示，杨某毅当时被警方带到派出所调查，对方否认后，杨某毅的父亲被通知接其回家，因为怀疑儿子，在父亲的再三追问下，杨某毅终于在6日凌晨承认，并坦白作案过程，随后杨父说服儿子自首。
陈礼言不认可杨某毅投案是自首悔罪行为。她认为，“警方最初调查他时，他并没有承认，是有人怀疑他，被迫自首的”。
钦州市中级人民法院认为，虽然杨某毅具有自首情节，但鉴于其作案手段残忍、后果严重和社会影响性，其自首不足以从轻处罚，应依法惩处。
但在二审中，广西高院对杨某毅的自首情节有不同认定，认为杨某毅的自首对案件侦破起到至关重要的作用，认定一审对其量刑不当，因而改判“依法对杨某毅判处死刑，可不立即执行，并限制减刑”。
不满判决结果，今年5月，侯士朝在陈礼言的委托下向法院提出申诉。
11月11日，最高人民法院决定，指令广西高院另行组成合议庭，再审该案。新京报记者曾就二审审理结果争议联系广西高院，该案的再审法官回应称，一切以最高法通知为准。
最高法再审决定书。新京报记者魏芙蓉摄
据最高法再审决定书显示，经高院审查和审判委员会全体会议讨论，认为受害者家属的申诉符合《中华人民共和国刑事诉讼法》所规定的应当重新审判的两项情形——“有新的证据证明原判决、裁定认定的事实确有错误，可能影响定罪量刑的”；“原判决、裁定适用法律确有错误的”。
消失的百香果女孩
2018年10月4日下午1点，陈礼言从镇里回家，摩托车还没在家门口停稳，三女儿杨林霏就哭着跑到跟前：小燕子不见了。
陈礼言有四女一子，小燕在家排行老四，是最小的女儿。那是国庆假期，陈礼言在门前田地里种下的一亩百香果林，正值收获季节。10月4日她准备去镇上办事，早上出门前，她给孩子们做了早饭，交代姐妹二人摘些百香果去收购点售卖。
百香果是当地大部分村民都会种植的作物，也是当年陈礼言家里主要的收入来源之一。采摘量大的时候，这些活往往是由母亲陈礼言来做，但到这个时节，田地里的百香果已经剩不多了，藤蔓上仅挂着一些余果。
母亲离开后，小燕子和三姐结伴而行，约好采摘完再一起去收购点。收购点离家不远，从百香果田地出发，走过数百米的田间小道，穿过一小片竹林，10分钟左右就能到杨某毅的家，收购百香果的老板租下了杨家一楼的铺面做生意。
从百香果收购点回家，杨林燕必经的竹林，杨某毅曾在此处潜伏守候。新京报记者魏芙蓉摄
到中午12点，百香果已经摘了大半桶，但三姐杨林霏没有想到，采摘中途，自己回家上个厕所的工夫，等再回到田地里，妹妹小燕子和采摘的百香果都没了踪影。
陈礼言到现在都记得那个下午，两个孩子出门，最后只见三女儿杨林霏独自拎着塑料桶在家门前，桶里空空荡荡，只遗留有小燕子摘的小野菊，成束扎着。
