在此期间，美国方面也对塔利班给予了一定的支持。正如阿富汗政府前副外长赫可特·卡尔扎伊（Hekmat Karzai）所言，在美国的加持之下，塔利班以一种“靠得住的、建设性的政治替代力量”示人，赢得了阿富汗民众的支持。
1996年9月，塔利班占领喀布尔，宣告塔利班政权成立。到了1998年8月，塔利班基本实现了对阿富汗全境的控制。
塔利班政权成立后，在国内实施伊斯兰教法，尤其是对妇女和非穆斯林采取暴力压制政策，它还为“基地”、“乌兹别克斯坦伊斯兰运动”等组织提供庇护。由此，塔利班政权受到国际社会的孤立，只有巴基斯坦、沙特阿拉伯和阿拉伯联合酋长国给予其外交承认。1998年联合国安理会通过决议，敦促塔利班结束对妇女权利的侵犯。
约在1996年5月，“基地”组织将塔利班治下的阿富汗选为藏身之地，此后“基地”组织对美国在海外的设施和人员实施了多次袭击。1998年8月，“基地”组织制造了美国驻肯尼亚和坦桑尼亚使馆的爆炸案，224人遇难，其中包括12名美国人，5000多人受伤。1999年，在美国的推动下，联合国因其窝藏“基地”组织而对塔利班政权实施制裁。
在处理与美国的关系方面，塔利班政权虽在公开场合毫不掩饰其反美立场，但仍希望与美国建立一种“井水不犯河水”的关系，其领导人奥马尔曾要求藏身阿富汗的“基地”组织不要同美国发生直接对抗，以此作为庇护后者的条件。
美国实际上也一直和塔利班保持着一定的联系。美国国务院直到2001年2月才要求关闭位于纽约的塔利班代表办公室。但塔利班代表阿卜杜勒·穆贾希德（Abdul Hakim Mujahid）仍以其他身份继续在美国活动。同年3月，塔利班政权派出特使访问美国，与美国官员会面讨论双方关系。
总的说来，塔利班政权在国际上处于孤立状态，在国内也面临诸多挑战。它虽然更多靠宗教而不是族群方面的号召力起家，但其政权的所作所为，被非普什图族势力认为不过是“狭隘的族群沙文主义”。塔利班政府将几乎所有非普什图族的政府高官辞退，包括大批受过苏联训练的经济技术官僚也被弃用。
当时，塔利班控制了阿富汗国内90%以上的领土，马扎里沙里夫等北方大城市也为其占据，但塔吉克人、乌兹别克人和什叶派的哈扎拉人则在中亚国家、伊朗等国外力量的支持下建立起反塔利班的武装队伍。其中，乌兹别克族的阿卜杜勒·杜斯塔姆（Abdul Rashid Dostam）是“北方联盟”的重要领导者，他明确支持建立世俗化的政治体制。
在塔利班政权的控制地区包括一些普什图族的聚居区，也存在反对的声音，一是认为塔利班实施的政策太过保守和严厉，包括规定妇女必须穿戴从头到脚全覆盖的罩袍（burqa）、禁止歌唱舞蹈等，有些做法甚至与阿富汗本土的传统和文化相冲突；二是认为塔利班不过是巴基斯坦方面扶植的“工具”，是伊斯兰堡的利益代言人。生于阿富汗的美国前驻阿富汗大使扎尔梅·哈勒扎伊德（Zalmay Khalilzad）曾提出，“很多阿富汗人将它（塔利班）视为一种从根本上说源自外国的运动，是巴基斯坦难民营而非阿富汗传统价值观的产物”。
美国为什么打不死塔利班
2001年9月11日，“基地”组织对美国本土实施恐怖主义袭击，造成3000多人死亡。
为了“复仇”，小布什政府要求塔利班政权交出当时藏身在阿富汗的本·拉丹等“基地”组织领导成员，但塔利班最终对美国说“不”。10月，小布什政府发动阿富汗战争，在美军和“北方联盟”等势力掀起的攻势之下，塔利班军队很快溃败。12月9月，其最高领导人奥马尔逃离其南部最重要的根据地坎大哈，这标志着塔利班政权的倒台。
但也有观点认为，塔利班是在进行战略转移，不与美国等联军力量在正面战场交锋。正如塔利班领导人奥马尔所言，“美国人拥有所有的手表，但我们有的是时间”。
塔利班退回普什图族的根据地——阿巴边境地区。由于阿巴两国政府力量长期无法深入这一地区，塔利班得以喘息，并重整旗鼓。2003年3月伊拉克战争爆发后，塔利班利用美国战略重点转移的间歇期，迅速招兵买马、休整队伍，逐渐形成所谓“新塔利班”（neo-Taliban）力量。
