于是问刘基该怎么办?那时刘基已退居在乡下，他给朱元璋回了一封信，据《明通鉴》其信之大要言：“霜雪之后，必有阳春，今国威已立，宜少济以宽大。”
这个对话，说明当时的官僚士大夫对朱元璋严厉整顿吏治的措施已显出不满了。到了洪武九年(公元1377年)叶伯巨的上书中，便已讲得非常明朗。他说：
“古之为士者，以登任为荣。今之为士者，以溷迹无闻为福，以受玷不录为幸，以屯田工役为必获之罪，以鞭笞棰楚为寻常之辱。其始也，取天下之士，网罗捃摭，务无遗佚。有司敦迫上道，如捕重囚。比至，除官多以貌选。所学非所用，所用非所学。洎乎居官，一有差跌，苟免诛戮，必在屯田、工役之科。率是为常，不少顾惜，此岂陛下所乐为哉?
欲人惧而不敢犯也。窃见数年以来，诛杀亦可谓不少矣，而犯者相踵。”屯田工作都发往中都凤阳，故叶伯巨云：“今凤阳皇陵所在，龙兴之地，而率以罪人居之，怨嗟愁苦之声充斥园邑，殆非所以恭承宗庙意也。”(《明史·叶伯巨传》)
他还讲：“开国以来，选举秀才不为不多，所任名位不为不重，自今数之，在者有几?”可见这个时期儒生们或者叫作知识分子的人们，在朱元璋手下为官的日子实在也难过得很。
朱元璋从严治官，高干子女也不例外
实际上朱元璋也不是一味主张重刑的人。
洪武四年(公元1371年)，御史中丞陈宁讨论刑罚的问题时，陈宁说：“法重则人不轻犯，吏察下无遁情。”
朱元璋便表示不赞成，“上曰：‘不然。法重则刑滥，吏察则刑苛。钳制下民而犯者必众，钩索下情而巧伪必滋。夫垒石之冈，势非不峻，而草木不茂;金铁之溪，水非不清，而鱼鳖不生。’”
还说：“法正则民悫，罪当则民从。今施重刑而又委之察吏，则民无所措其手足矣。”(《明通鉴》)
问题是陈宁强调的是对民要重刑法，这一点朱元璋不赞成，希望求其宜，对官吏与儒生则是另一回事了。
朱元璋从严治官，主要针对两类现象，一类是各级政府官员中贪渎腐败的现象，另一类是功臣宿将的飞扬跋扈欺压百姓的现象。
明初的四大案，可以分为两类：空印案与郭桓案，是针对官吏队伍中的贪渎腐败现象;胡惟庸案与蓝玉案，则是针对功臣宿将中的违法犯罪现象，而且朱元璋先有警告。
朱元璋对自己队伍的管束历来是非常严格的，早在攻取金华时，胡大海之子触酿酒之法，“太祖怒，欲行法，时大海方征越，都事王恺请勿诛，以安大海心。太祖曰：‘宁可使大海叛我，不可使我法不行。’竟手刃之。”(《明史·胡大海传》)
可见朱元璋治下之严，若有犯纪者，即使是高干子女，他也丝毫不留情面，不管有多大的功绩，该处理的他就严格依法处理。
洪武六年(公元1374年)五月，朱元璋以功臣多倚功犯法，放纵奴仆杀人，并且隐匿不报，于是命令工部铸铁榜，申诫公侯。
从《明太祖实录》中可见，这些条令列举了：
凡公侯之家强占官民山场、湖泊、茶园、芦荡及金银铜场铁冶者;凡功臣之家管庄人等，倚势在家欺殴人民者;凡功臣之家屯田佃户，管庄干办、火者、奴仆，及其它亲属人等，倚势凌民，夺侵田产财物者;
凡公侯之家除赐定仪仗户及佃田人户，已有名额报籍在官，敢有私托门下影蔽差徭者;凡公侯之家，倚恃权豪，欺压良善，虚钱实契，侵夺人田地、房屋、孳畜者;凡功臣之家，受诸人田土及朦胧投献物业者等。
这些铸在铁榜上的条文都明确规定了处罚和处刑的条令，而且非常严厉，有的要处斩。
其实，当时这些铸铁的榜文，对功臣宿将还只是一个警告，没有真正下手。他对文臣的处置比武臣将领要更凶一些，正由于屡禁不止，他才兴大案的。当然，这也与上层集团内部互相倾轧有关。
现在分为两类进行叙述，首先是他对官僚士大夫集团的惩处，如空印案和郭桓案，以及与郭桓案直接相关的大诰、二编、三编及武臣诰的颁布，然后再叙述胡惟庸案和蓝玉案的处置。
