后来李密被王世充击败，秦琼等人被俘，不得已归顺了对方。而王世充同样对这位传奇名将仰慕不已，他也学李密那样厚待秦叔宝，甚至任命其为龙骧大将军。
但王世充跟李密不一样，他是标准的真小人，让秦叔宝这些出自隋军正规体制的军官们极为不屑：“叔宝薄世充之多诈”。在一次出征的途中，秦琼、程咬金(程知节)等人在阵前公然向王世充告辞，策马投靠李渊。
四处招揽人才的秦王李世民，自然也对秦叔宝的大名早有耳闻：“素闻其勇，厚加礼遇”。美良川之战中，秦叔宝击败刘武周麾下悍将尉迟敬德，救回被俘的唐俭、刘世让等人，以至于李渊公开表示，自己愿意割肉对秦叔宝表示感谢。
后来，良将逢英主的秦琼长期跟随李世民南征北战，先后击破强敌宋金刚、窦建德、刘黑闼等强敌。虎牢关之战中，当李世民下达总攻令后，秦琼再度复制自己一贯的悍勇作风，率领数十精骑冲入敌人十万大军，拉开了唐军以少胜多壮举的序幕。
除了作战勇猛、胆色过人外，秦叔宝还是正史中罕见的“斗将”。每次与敌军对垒时，对方阵中若有人表现嚣张：“骁将锐卒，炫耀人马，出入来去者”，李世民一声令下后，秦琼往往“跃马负枪而进，必刺之万众之中”。
“于万众之中取敌将首级”，这是只在演义中才会出现的场景，完全契合了我们心目中的英雄形象，这也正是秦叔宝为我们广为熟知的最主要原因。
但是，李世民对功臣进行排名，主要的依据是功劳和贡献、而非名气。若对比秦琼与其他功臣所做的贡献，我们就会发现，他确实略有逊色。
功能单一、服务时间短，秦叔宝难以跻身顶级功臣之列
我们看看同在榜单的其他功臣的情况。
长孙无忌、长孙顺德、柴绍、李孝恭等人都是李氏姻亲/宗族，也是李渊太原起兵的最强大依靠。这些人出身勋贵，但却都是靠着真本事吃饭;比如李孝恭曾率军平定江南萧铣;李世民的姐夫柴绍豁出身家性命参与太原起兵，其后担当对抗吐谷浑的重任。贵戚身份，并不能掩盖他们的显赫功劳;
高士廉看似名气不大，但身份却非常特殊，他是隋朝名臣，也是长孙无忌与长孙皇后的舅舅，同时还为玄武门之变立下大功;萧瑀与李氏一样出身隋朝贵族，而且还与隋炀帝结成了姻亲，这样的家族站在李氏一旁，为大唐稳定关中起到了关键作用;
刘弘基、殷开山、刘政会、唐俭、段志玄、侯君集等人，都是李世民父子的老部下。万事开头难，在太原起兵的艰难时期，他们与李渊家族同舟共济，出生入死，无愧李唐开国的中坚与骨干力量;
张公谨、虞世南、屈突通、张亮、李世勣、尉迟敬德、李靖、程咬金等文武，则都来自隋末的各大阵营。但英雄不问出处，这些人为大唐服务后，都在各自领域作出了杰出的贡献，这里以两个冷门人物为例：
张公谨，虽来自王世充麾下，但在玄武门之变中，面对来袭的太子府2000精兵，身强力壮的他及时关闭大门，避免了李世民一伙被连锅端;公元629年，他担任了行军副总管，随李靖征讨东突厥;
张亮向来存在感极低，而且后来还因涉嫌谋反被杀，但在玄武门之变前，他曾受命偷偷前往洛阳为李世民招兵买马;被李建成抓住后，他面对严刑拷打，从始至终不发一言，是一位绝对靠得住的心腹。
杜如晦、房玄龄、自不用说，这是李世民长期的心腹、智囊;大名鼎鼎的魏征虽来自李建成，则是协助李世民成长为千古明君的关键人物。
而秦叔宝虽然作战勇猛、品格高尚，但他的功能性过于单一，罕有单独领兵作战、独当一面的成绩。而且，在李世民登基后，当李靖、李世勣、侯君集、尉迟敬德等一众名将继续为大唐事业奋战时(侯君集后来虽因反叛被杀，但也曾创下千里灭高昌的战绩)，秦叔宝却早早的退居二线，失去了继续建功立业的机会：
历史上没有主角光环，刀箭不长眼，作战过于勇猛，也会付出代价。秦叔宝一生为隋王朝、李密、大唐出生入死，先后经历大小200多仗，从来没有临阵退缩过，因此屡次身受重伤、累计出血数斛(宋代之前，一斛约等于120斤)，这也对他的身体造成了不可挽回的损害。在参与玄武门之变后，秦琼长期处于养病的状态，基本上没有再次出征。
