公元638年，久病缠身、不堪重负的秦琼去世，被唐太宗赠官徐州都督，并享受陪葬昭陵的待遇。
公元643年，李世民设立凌烟阁功臣录时，没有忘记这位立下赫赫战功的名将，将其列入其中。
一句话来总结：凌烟阁的其他功臣，要么是李氏的老部下、心腹干将，要么后来比秦琼服务的时间长，要么功能多样化，他们排在秦琼之前，也都各有合理性。
实际上，我们一直为秦叔宝的排名耿耿于怀，更多的是源自对心目中英雄形象的爱惜。在人才济济、群星闪耀的初唐，能够跻身最优秀的24人之列，已经极为不易。毕竟，与李靖一同灭掉东突厥的李世勣也只是排在倒数第二位;更别说有太多在那时已经去世的、活着的优秀人才与此殊荣无缘，比如李世民曾经的头号心腹、为太原起兵立下大功的刘文静，曾与秦叔宝齐名、后来勇敢赴死的猛将罗士信，被李世民誉为大唐三大名将的薛万彻、李道宗(另一位是李世勣)等等。
