清世祖顺治十八年(公元1661年)，又恢复为原来的三院大学士：弘文院大学士、秘书院大学士、国史院大学士。
清圣祖康熙十年(公元1671年)，又改为四殿大学士：中和殿大学士、保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士。
清圣祖康熙三十八年(公元1699年)，又改为三殿二阁大学士。这三殿大学士分别是：保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士;这二阁大学士分别是：文渊阁大学士、东阁大学士。
到了清高宗乾隆十四年(公元1749年)，才确定为三殿三阁大学士。这三殿大学士分别是：保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士;这三阁大学士分别是：文渊阁大学士、东阁大学士、体仁阁大学士。
到了这个侍候，大学士在员额上也有了初步的规定，也就是：大学士只设四员。
此前，清朝的大学士的员额是没有定数的，其数额范围是从五、六位到十一、十二位不等。
但是，到了清高宗乾隆三十五年(公元1770年)，保和殿大学士、文忠公富察·傅恒去世之后，保和殿就不再设置大学士。
自此以后，清朝的大学士，只剩下了二殿三阁。这二殿大学士分别是：文华殿大学士、武英殿大学士;这三阁大学士分别是：文渊阁大学士、东阁大学士、体仁阁大学士。
至于大学士授职时的名称，自清圣祖康熙以来，并没有定例可循。
所以，有些时候，某殿某阁，并没有设置大学士;而有些时候，一殿一阁之中，可能同时有好几人被授予相同的大学士衔。
到了清仁宗嘉庆四年(公元1799年)以后，才开始在每殿每阁各设一名大学士;但是，那个时候，已经确定，大学士的员额仅限四名;须知，二殿三阁共有五缺，因员额四员，所以，大学士的确定，就只能是二殿二阁，一殿三阁这样来组合了。这种组合，也没有规律，主要看皇帝高兴，由其心情决定。
以上在介绍大学士的过程中，大学士的名位次序，也如文中的排列，从先到后，即由大至小。比如三院中，弘文院大学士第一、秘书院大学士第二、国史院大学士第三;二殿三阁中，文华殿大学士最尊英殿大学士次之，文渊阁大学士再次之、东阁大学士又次之、体仁阁大学士最末。
这种大学士制度，一直沿袭传承到了清末。
